وجهت وزارة الدفاع مذكرة إلى المستشار حسام الغرياني - رئيس الجمعية التأسيسية للدستور - تبدى فيها اعتراضها على ماورد بالمادة (26) من باب الحقوق والحريات في فقرتها الأخيرة عبارة ''ولايجوز محاكمة مدني أمام قضاء عسكري''، بالرغم من اعتراض ممثل هيئة القضاء العسكري عضو الجمعية. وقالت المذكرة التي وقعها اللواء مدحت رضوان غزى - رئيس هيئة القضاء العسكري - إن وجه الاعتراض يعود لسببين؛ الأول شكلي والثاني موضوعي، مشيرةً إلى أن هذا النص سبق إدراجه في باب السلطة القضائية بفصل القضاء العسكري من لجنة نظام الحكم بعبارة ''ولايجوز محاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية إلا في الحالات التي يحددها القانون''. وأضافت المذكرة أما عن السبب الموضوعي فهو أن هذه العبارة على إطلاقها دون تحديد تخرج من اختصاص القضاء العسكري أربعة عشر اختصاصًا أصيلًا للقضاء العسكري تم وضعها في 12 بندًا، وتسليمها إلى المستشار حسام الغرياني، ومقرر لجنة الحقوق والحريات، ومقرر لجنة الصياغة، والكل وافق على عدم ملاءمة إطلاق هذه العبارة دون قيد لما لذلك من تأثير على اختصاص القضاء العسكري بحالات تتعلق بأمن وسلامة القوات المسلحة التي هي لصيقة بالأمن القومي للبلاد. وأشارت إلى أن الرأي انحصر في اتجاهين، أما ينص على عبارة ''إلا في الأحوال التي يحددها القانون في نهاية الفقرة أو أن ينص على حالات الاختصاص بمحاكمة المدنيين حصرًا''، مؤكدةً أن النص خرج رغم ذلك مطلقًا وبغير قيد ودون لكل الاعتبارات التي قدمناها، وقالت المذكرة إن القراءة الأولى للمسودة الأولية تضمن نصًا مغايرًا تمامًا لما انتهت إليه لجنتا السلطة القضائية، ونظام الحكم تحت عنوان''القوات المسلحة'' دون أن يسبق طرحه في أي مناقشات سابقة، وصيغته كالتالي ''ينظم القانون القضاء العسكري ويبين اختصاصاته في حدود المبادئ الواردة فى الدستور، ولايجوز بحال أن يحاكم أمام القضاء العسكري إلا العسكريون، ومن في حكمهم. وأضافت المذكرة أنه في القراءة الثانية للمسودة التي صدرت في 22 أكتوبر الماضي، وضع ذات النص المغاير لما انتهت إليه لجنتا نظام الحكم والسلطة القضائية مع تعديل جوهري لم يسبق لأحد طرحه، ونص على أن القضاء العسكري جهة قضائية مستقلة يختص وحده بالفصل في كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها أثناء أداء مهام العسكرية، ويجوز استثناء محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري في الحالات التي يحددها القانون ويبين القانون اختصاصاته الأخرى، وذلك كله في حدود المبادئ الواردة في الدستور. وأكدت مذكرة وزارة الدفاع اعتراضها الرسمى على كل هذه الصياغات وتمسكها بالصياغة التي انتهت إليها لجنتا السلطة القضائية، ونظام الحكم، وتمسكها بوضع النصوص الخاصة بالقضاء العسكري في باب السلطة القضائية لأسباب عدة، منها أن ذلك يمثل عرفًا دستوريًا مستقرًا في دساتير مصر منذ عام 1923، وأن مبدأ الفصل بين السلطات يقتضي أن يوضع القضاء العسكري في باب السلطة القضائية، وليس باب السلطة التنفيذية. وأكدت المذكرة أن القضاء العسكري وإن كان قضاءً خاصًا إلا أن خصوصيته لاتنفي عنه صفة القضاء الذي يفصل في خصومة، ويوقع عقوبات تصل إلى الإعدام في بعض الجرائم، وقد يكون من الملائم أن صادف هذ الاقتراح قبولًا أن توضع الفقرة الخاصة بعدم جواز محاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية إلا في الحالات التي يحددها القانون أو بذكر هذه الحالات.