قال الأنبا باخوميوس، القائم مقام البابا، إن الأقباط في مصر يعانون من ضغوط دينية واقتصادية وأمنية وشعبية، متسائلًا: '' كيف يقوم رجل بحرق الإنجيل والكنيسة المصرية هي أول من أصدرت بيانات صحفية ضد الفيلم المسيء للرسول (ص)''، مطالبًا بضرورة أن يتكاتف المصريون جميعًا ضد هذه الفتنة لأن التنوع يعطي جمال في مصر وإن ساعد كل شخص يعمل في موقعه أخيه تتحول مصر إلى جنة. وأضاف باخوميوس، خلال مداخلة هاتفية لبرنامج ''90 دقيقة'' على فضائية ''المحور''، مساء الاثنين، أنه لا يشاهد الفضائيات، لكنه في إحدى المرات وجد أحد الأشخاص المحسوبين على التيار الإسلامي يقول ''هما ليه الأقباط بيزعلوا لما نقول عليهم كفار''، مشيرًا إلى أن الأقباط أهل كتاب وليسوا كفارًا، ومشددًا على أن الاضطهاد للمسيحيين مازال مستمرًا، ''فتصريحات الجهاز المركزي للمحاسبات والإحصاء بأن عدد الأقباط 5 مليون خاطئ''، متسائلاً: ''هل كان يقصد الأقباط في شبرا مصر أم في جمهورية مصر!''. وعلق باخوميوس على تعيين الدكتور سمير مرقص، مساعد الرئيس، قائلًا: ''سعدنا به لكن وجود واحد مسيحي وسط المئات في الحكومة''، فيما أشار إلى ضرورة أن يصدر الرئيس مرسي قرارًا ببناء الكنائس ومراجعة المناهج المدرسية التي تدعو إلى التمييز الطائفي وضبط للفتاوي التي تصدرها التيارات الدينية ضد المسيحين. وحول قضية هجرة المسيحيين من سيناء قال: ''رفح مش ملك الأقباط بس دى أرض وحدود بلد يجب عل الجميع الحفاظ عليه. ونحتاج لجهود أمنية وسياسية وشعبية لعدم تكرار أزمة رفح، والكنيسة دائمًا ما تشدد على أولادها أن يبقوا في مصر، والأسر القبطية في سيناء تشعر بعدم الأمان''.