عقب بدء محاكمة الرئيس المعزول محمد مرسي واخرين تقدمت النيابة إلى قاضى محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بأكاديمية الشرطة، برئاسة المستشار شعبان الشامى، خطابا من قطاع الأمن الوطنى يفيد صدور قرارات اعتقال بتاريخ 25 يناير بضبط 34 من قيادات الإخوان الإرهابىين، لاتهامهم بالتخابر مع جهات أجنبية لقلب نظام الحكم، وتم إيداعهم السجن لمحاكمتهم لحين صدور قرارات مكتوبة ولكن الأحداث التى تلت ذلك حالت دون ذلك، بالإضافة إلى هروب المتهمين عقب اقتحام السجون. وضمت قائمة المتهمين فى القضية، كل من الرئيس السابق محمد مرسى وعدد من قيادات الإخوان منهم رشاد بيومى ومحمود عزت ومحمد سعد الكتاتنى وسعد الحسينى ومحمد البلتاجى وصفوت حجازى وعصام الدين العريان ويوسف القرضاوى وأخرين. كان المستشار حسن سمير قاضى التحقيق المنتدب من محكمة استئناف القاهرة للتحقيق فى قضية الهروب من سجن وادى النطرون، أحال الرئيس المعزول والدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين ونائبه محمود عزت والدكتور سعد الكتاتنى رئيس مجلس الشعب السابق ورئيس حزب الحرية والعدالة ومحمد البلتاجى وعصام العريان وسعد الحسينى أعضاء مكتب الارشاد، و 123 متهماً أخرين من قيادات الجماعة وأعضاء التنظيم الدولى وعناصر حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبنانى، إلى محكمة الجنايات لاتهامهم بارتكاب جرائم خطف ضباط الشرطة محمد الجوهرى، شريف المعداوى ومحمد حسين وأمين الشرطة وليد سعد، واحتجازهم بقطاع غزة وحمل الأسلحة الثقيلة لمقاومة النظام المصرى وارتكاب أفعال عدائية تؤدى إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها وقتل والشروع فى قتل ضباط وأفراد الشرطة وإضرام النيران فى مبان حكومية وشرطية وتخريبها واقتحام السجون ونهب محتوياتها من ثروة حيوانية وداجنة والاستيلاء على الموجود بمخازنها من أسلحة وذخائر وتمكين المسجونين من الهرب