يواجه الفنان مصطفى قمر أزمة كبيرة، بعدما رفعت شقيقته الكبرى أماني أحمد محمد حسن قمر، دعوى نسب بمحكمة الأسرة في الإسكندرية تطالب فيها بإثبات نسبه، إما لوالدتها السيدة عنايات مصطفى عثمان، أو للسيدة ليلى حسن عبده. وطلبت شقيقة مصطفى قمر في دعواها أن تثبت المحكمة ما إذا كان نسب مصطفى يعود لوالدتها السيدة عنايات مصطفى عثمان، التي حصل على إرثه الشرعي منها عقب وفاتها منذ أكثر من سبع سنوات، أو للسيدة ليلى حسن عبده التي حصل بنسبه إليها على إعفاء من التجنيد منذ 20 عاماً، بعد أن أثبت أنه ابنها الوحيد. وذلك وفقاً لمجلة "لها". وأشارت شقيقة مصطفى قمر إلى أن سبب رفعها الدعوى، هو الخلاف على الإرث الذي وقع بينها وبين والدها عقب وفاة الأم، وزواجه من سيدة تصغره بثلاثين عاماً، حيث أبلغها وقتها أن مصطفى شقيقها من أم أخرى تدعى ليلى كان قد تزوج منها عام 1965 وطلّقها عام 1995، لذا لا يجوز له أن يرث من السيدة عنايات. وتنظر محكمة الاسكندرية حاليًا في القضية التي تحمل رقم 927 ، وقدمت أماني أوراقاً تثبت أن إعلام وراثة صادر عام 2007 عقب وفاة السيدة عنايات والدتها يثبت أن مصطفى ابنها، أما القيد العائلي الصادر من مصلحة الأحوال المدنية التابعة لوزارة الداخلية المصرية، مثبت فيه أن مصطفى قمر هو الابن الوحيد لزوجة والدها السيدة ليلى حسن عبده، وهو ما يعتبر تزويراً في الأوراق الرسمية، حسب قولها.