انتقد عدد من أساتذة الجامعات التضييق على الحريات وإعطاء حكومة الانقلاب لرئيس كل جامعة حق فصل أي أستاذ جامعي وتجنيد طلاب للتجسس علي زملائهم، بجانب الاستعانة بشركة حراسات خاصة لتأمين الجامعات. وقالوا أن هذه الإجراءات تعوق حرية الطلاب والأساتذة وتوصل رسالة للجميع أن الشرطة غير قادرة على حماية الطلاب. من جانبه وصف الدكتور عبد الله سرور، وكيل نقابة علماء مصر في تصريحات صحفية الإجراءات التي تمارسها إدارات الجامعات بأنها "سخيفة"، مشيرا إلى أنها تدل على عدم قدرة إدارات الجامعات على حل المشكلات وتساهم في زيادة المشكلات التي تواجهها الجامعات، وقال أن هذه الشركات الخاصة لا يمكنها أن تتعامل بكفاءة داخل الجامعات، ولن تستطيع تأمين الجامعات خاصة أنها تعمل من أجل مصلحتها الخاصة وليس من أجل مصلحة الطلاب. وطالب سرور برحيل الإدارة الحالية للجامعات لأنها عجزت عن حل مشكلات الجامعات، موضحًا أن هذه الإدارة تشبه الرجل العاجز عن العمل. وأكد مصدر مسئول بالأمن الإداري بجامعة الأزهر، أنه تم الاستعداد للعام الدراسي الجديد، بتعيين 1000 فرد أمن بكليات الجامعة للبنين والبنات، وتركيب بوابات إلكترونية وزيادة عدد الكاميرات غير المرئية في أماكن مختلفة داخل الجامعة والمدينة تسهم في رصد التجمعات الطلابية. وقال مصدر مسئول بالمجلس الأعلى للجامعات ان المجلس قرر التعاقد مع شركات أمنية خاصة لتأمين البوابات الجامعية من الداخل والخارج وتفتيش السيارات إلى جانب استخدام الشركة البوابات الإلكترونية على أبواب الجامعات، واشار الى أن الشركة ستكون مسؤولة عن منع أي عنف بالجامعات، بينما ستستمر الاستعانة بالشرطة ومدرعاتها خارج أبواب الجامعات. ومن جانبه اكد اللواء عادل سليمان مدير منتدى الحوار الاستراتيجي، في تصريحات صحفية، أن حطة تأمين الجامعات يشارك فيها رجل الأعمال "نجيب ساويرس" ويديرها رجال جيش وشرطة ومخابرات. وأوضح أنه تم الاستعانة بجهاز حديث يحتوي على قاعدة بيانات، يمكنه التعرف على الوجوه وسرد جميع البيانات المرتبطة بها، وتمت تعلية أسوار الجامعة والمدينة الجامعية ووضع ألواح حديدية شائكة علي الأسوار ، لعدم تسلل أي أشخاص الى داخلها، وتركيب كاميرات بالمدينة بمداخل المباني والطرقات الرئيسية، ومحيط مسجد المدينة والأسوار الخارجية، وإغلاق أسطح المباني السكنية.