تتعاقب التيارات المختلفة على قيادة نادي القضاة، في ظل مطالب لا تتوقف عن المناداة باستقلال القضاة، ورغم اختلاف قادة النادي، فقد واجه الرئيس السابق مبارك، وأيضا واجه النادي الرئيس المنتخب بعد ثورة 25 يناير محمد مرسي، رافعين شعارات الحرية، واستقلال القضاة. ودخل نادي القضاة في العديد من المواجهات مع "مبارك" ونظامه، في ظل سيطرة تيار الاستقلال بقيادة المستشار زكريا عبد العزيز، على قيادة النادي، وكان أشرس تلك المواجهات عام 2007، وهي المواجهة المعروفة إعلاميا ب"معركة نادي القضاة" حين أحيل المستشارين أحمد مكي، وهشام البسطاويسي للمحاكمة، فأعلن قضاة النادي الاعتصام داخل مقر النادي، تضامنا مع مكي والبسطاويسي . وكانت إحالة القاضيين محاولة لتصفية، للقضاة الذين فضحوا تزوير رجال أمن الدولة لانتخابات 2005، من قبل نظام مبارك، وحاول النظام التخلص من تيار الاستقلال، بدعمه للمستشار أحمد الزند في مواجهة المستشار زكريا عبد العزيز - القيادي بالتيار-، خلال آخر انتخابات شارك فيها التيار لانتخابات النادي. وفي عهد مرسي، ومع سيطرة تيار يتهم بإنتمائه لنظام مبارك على قيادة النادي، واجه النادي الرئيس محمد مرسي المنتمي لجماعة الإخوان في أكثر من واقعة - في ظل تصعيد تيار الاستقلال ليتقلد عدد منهم مهام في السلطة التنفيذية بالدولة- علي رأسهم المستشار محمود مكي - نائب رئيس الجمهورية - والمستشار أحمد مكي - وزير العدل- كما كان المستشار محمود الخضيري رئيسا للجنة التشريعية بمجلس الشعب المنحل، وتم اختيار المستشار حسام الغرياني رئيسا للجمعية التأسيسية المعنية بوضع الدستور، ورئيسا للمجلس القومي لحقوق الإنسان. وواجه النادي، الرئيس محمد مرسي، في قراره بعودة مجلس الشعب، متجاهلا حكم المحكمة الدستورية بحله، وهي الواقعة التي واجهها القضاة بقوة، وجاء قرار المحكمة الدستورية، بوقف قرار مرسي؛ مدعوما من النادي، ورضخ الرئيس لمطالب القضاة، وأعلن مرسي، احترامه لحكم المحكمة الدستورية العليا بإلغاء قراره. وعاد النادي لمواجهة الرئيس مرسي، بعد إعلان خبر إقالة الرئيس للنائب العام، في موقف لا يتفق مع قانون السلطة القضائية، فانتفض نادي القضاة للدفاع عن استقلال القضاة مرة أخرى، معلنا رفضه لاستقالة النائب العام، وتضامنه الكامل معه، ضدر قرار رئيس الجمهوية.
