أثار نظام التكليف الجديد أزمة جديدة بين وزارة الصحة ونقابة الأطباء، لا سيما بعد أن أصدرت الوزارة بيانا أعلنت فيه أنّها أخطرت النقابة بالنظام الجديد، وهو ما نفته النقابة مطالبة بتأجيل تطبيق النظام الجديد هذا العام حتى تتضح الأمور حول النظام الجديد ويتم مناقشته. وأعلنت نقابة الأطباء أنّها تابعت ببالغ الانزعاج والقلق تصريحات الصحة التي أعلنت فيها بدء تطبيق نظام جديد لتكليف الأطباء، وأعلنت بدء تطبيقه خلال ساعات رغم غموض محتواه، مؤكدة أنّها أعلمت الوزارة في خطاب رسمي أمس موقع من النقيب والأمين العام، برفضها تطبيق أي نظام جديد قبل الإعلان عنه ونشر جميع تفاصيله ومناقشتها مع أصحاب الشأن من الأطباء ونقابتهم. وأضافت: "من الضروري والملزم تكليف الدفعة الحالية الواجب تكليفها خلال أيام طبقا للنظام القديم والمعروف بجميع تفاصيله، على أن يتم مناقشة أي نظام مستحدث بدرجة من التأني والتدقيق تتناسب مع خطورة تأثير القرار على مستقبل الآلاف من شباب أطباء مصر". وعلق الدكتور إيهاب الطاهر الأمين العام لنقابة الأطباء، على نظام التكليف الجديد للأطباء قائلا: "كل طبيب سيتم تعيينه على التخصص الذي يرغبه طبقا للمجموع، ويلتحق مباشرة ببرنامج الزمالة أمر جيد، والعنوان جميل، لكن السؤال لماذا الاستعجال الشديد في إصدار قرارات وتطبيقها بعد أسبوعين، خاصة مع عدم وجود إجابة على تساؤلات كثيرة للأطباء، وبينها وضع المجندين منهم، ونظام التكليف بالمناطق النائية، ونظام الدرجات المالية وكيفية نقلها، وهل هناك طاقة استيعابية حالية لبرنامج الزمالة لتدريب الأطباء فورا على النحو المرضي؟، وكيفية تغطية العمل بالوحدات الصحية بربع الأعداد الحالية خاصة في الأربع سنوات الأولى؟ وغيرها من الاستفسارات المهمة". وأشار إلى أنّهم أرسلوا خطابا إلى الصحة بإرسال تفاصيل المشروع الجديد المزمع تطبيقه حتى يتسنى دراسته، وإبداء أي ملاحظة بشأنه حتى يخرج بأفضل صورة، لأنّه قرار خطير وسيؤثر على مستقبل الأطباء في مصر.