كشف الدكتور مسعد الحسيني، إمام وخطيب مسجد القبلتين، سبب تسمية المسجد بهذا الاسم. وقال الحسيني، خلال حواره مع الإعلامي أحمد موسى، مقدم برنامج "على مسئوليتي"، المُذاع عبر فضائية "صدى البلد"، مساء اليوم، إن الاسم الأصلي للمسجد هو "بني سلمة"، وهو أحد الأحياء التي كان يسكنها الأنصار، مشيرًا إلى أن النبي أمرهم بأن يلزموا ديارهم عندما أرادوا أن ينتقلوا للصلاة قرب مسجد النبي. وأضاف: "عندما كان يصلي النبي الظهر نزل الأمر بتحويل القبلة، وعندما علم الأنصار في بني سلمة بأمر تحويل القبلة كانوا قد صلوا ركعتين من العصر إلى بيت المقدس، ثم صلوا الركعتين الأخرتين إلى المسجد الحرام". وأشار، إلى أن ما حدث في مسجد القبلتين حدث في مسجد قباء، لكن الأخير لم يتم تغيير اسمه لأنه أشهر من أن يُغير.