أودعت محكمة القضاء الإدارى حيثيات حكمها بإعادة المبنى " بى 2 " أحد مباني جامعة النيل، وإعادة التبرعات البالغة 150 مليون جنيه، واكدت من خلالها أن الغاية من قرارتها الصادرة اليوم تكمن في استرداد أملاك الدولة التى تم التصرف فيها على نحو مخالف للقانون. واضافت المحكمة أنه لا يحق للجامعة ممارسة نشاطها من خلال المبنى المذكور بالقرية الذكية ومن ثم يحق لها فقط استلام مبنى واحد من المبانى التى أقامتها وزارة الإتصالات والمعلومات المخصصة للعملية التعليمية على الأرض التى تم التنازل عنها واستردتها بمقتضى القرار المطعون فيه. كما أوضحت أن القرار رقم 305 لسنة 2011 قد صدر مطلقا شاملا مساحة الأرض كاملة دون استقطاع للأرض المقام عليها هذا المبنى. وكشفت المحكمة أن مدينة زويل ليس لها كيان قانونى وأن الجهة الإدارية تنبهت لذلك فذكرت عبارة " لحين إستكمال الإجراءات اللازمة وفقا للقانون " أى أنه إجراء مؤقت وأن الدولة تدرك أن هناك إجراءات سيتم استكمالها لإختيار الشكل القانونى المناسب لها. وقضت الدائرة الثانية بمحكمة القضاء الإدارى برئاسة المستشار إبراهيم إسماعيل نائب رئيس مجلس الدولة بإلغاء تحويل جامعة النيل من جامعة خاصة إلى جامعة أهلية لعدم توفيق الجامعة لأوضاعها القانونية كما قضت بوقف التنازل النهائى الصادر من مجلس أمناء المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى عن حق الانتفاع عن مساحة 127 فدانا وهى قطع الأراضى أرقام 62 و63 المخصصة لوزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات بمدينة الشيخ زايد ومحافظة السادس من أكتوبر على ان تتولى الجامعة توفيق أوضاعها كجامعة أهلية. وقضت المحكمة بوقف قبول وزارة الاتصالات وتكنولوجيا جميع التجهيزات الإضافية لمبانى جامعة النيل الممولة من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى البالغ قيمتها40 مليون جنيه بالإضافة إلى ما قد يتبقى من التبرعات المخصصة لإنشاء الجامعة الجارى حصرها واشارت الحيثيات إلى أن ما تم التنازل عنه لم تساهم فيه الدولة وإنما تم تجهيز تلك المبانى من موارد المؤسسة وتلقت تبرعات بلغت 150 مليون جنيه وفقا للمستندات المقدمة من الحاضر عن رئيس مجلس أمناء مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بجلسة 24 أكتوبر 2012 وهى مبالغ قدمها المانحون ليس من بينهم الدولة لجامعة النيل تحديدا وقضت المحكمة بوقف تنفيذ قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 100 لسنة 2011 المطعون فيه بنقل الإشراف الإدارى على الأرض والمبانى الصادر بشأنها قرار رئيس مجلس الوزراء رقمى 305 و356 لسنة 2011 وذلك من وزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات إلى صندوق تطوير التعليم وقالت المحكمة فى حيثياتها إن هذا القرار نص فى المادة الثانية على " الموافقة على الترخيص للدكتور أحمد زويل بصفته رئيسا لمجلس الأمناء لمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بالتعامل مع الجهات الحكومية وغيرها من الأشخاص المعنوية العامة والخاصة لإنجاز كافة الإجراءات اللازمة لإستكمال المقومات المادية والمعنوية اللازمة للمدينة على أن تعرض هذه التعاملات على مجلس الأمناء للمراجعة والاعتماد.