أكثر من ثلاثين عام هي عمر الصراع بين قوي التيار الأصولي ، وسبعة وزراء داخلية علي مدار العقود الثلاثة تصاعدت خلالها وتيرة العنف بين الطرفين وصولا إلي سلسلة الإغتيالات التي بدأت براس النظام (السادات) وانتهت بمبادرة "وقف العنف" التي تبنتها جماعتي الجهاد والجماعة الإسلامية في عام 97 وبين البداية والنهاية سبعة وزراء و سبعة آلاف معتقل ووادي من الدماء. في عهد اللواء النبوي إسماعيل كان شعار وزارته ، عدم المساس بالتيارات الإسلامية بهدف ضرب التنظيمات الناصرية والشيوعية ، حيث كان حريصًا علي أن تكون الجماعات الدينية بكل أطيافها تحت السيطرة والمراقبة خلال الفترة من (77- 81) ولكن الطامة الكبري جاءت بإغتيال الرئيس السادات الأمر الذي دفع النبوى إسماعيل لتغيير خططه، مستخدما سياسة القوة الحارقة ضد كل الجماعات الدينية، غير أنه لم يستمر طويلاً . وانتهي عهد النبوي وجاء اللواء حسن أبوباشا الذى اختاره المخلوع وزيرا للداخلية فى أعقاب إقالة اللواء النبوى إسماعيل ودخل فى أدبيات الجماعات الإسلامية وقياداتها، وارتبط اسمه لدى تنظيم الجهاد بأنه الوزير الذى وجه أكبر ضربه أمنية للتنظيم بعد اعتقال 99 % من أعضائه وقياداته عندما قاد عملية تحرير مديرية أمن أسيوط، من أعضاء الجماعة الذين احتلوها بعد قتل عدد كبير من القيادات الأمنية. وخلال عام 1984 كان هناك صراع كبير على إمارة مجلس شورى جماعتي (الجهاد، الجماعة الإسلامية) وهو ما عرف باسم معركة الأسير "عبود الزمر" والضرير "عمر عبدالرحمن" ومن له الأحقية فى إمارة مجلس شورى الجماعة هذا الصراع استفاد منه اللواء أحمد رشدى وزير الداخلية الجديد (84-86) والذى رفع شعار "دع النار تأكل بعضها" في الإشارة إلي الصراعات التي كانت دائرة بين الجماعات الإسلامية، رافضًا أن تكون السجون مفرخه للإرهاب ولهذا تلاشت خريطة الاعتقالات فى صفوف الجماعات خلال فتره تولى رشدى للوزارة، مما جعل فترته الأقل عنفًا وصدامًا بين الشيوخ وجنرالات الداخلية. وخلال الفترة ما بين عامى (85 و86) كانت الأسوأ بين الجماعات الدينية والقوات الأمنية لاسيما بعد تولي اللواء زكي بدر وزارة الداخلية وتعامله بسياسة القبضة الحديدية والتى وصلت إلى درجة التصفية الجسدية لبعض أعضاء الجماعة وقد قام بدر بعدة جرائم قتل لأفراد الجماعة أهمها الشيخ ماجد العطيفي الذي قُتل علانية في وسط النهار بشارع الجلاء بأسيوط والشيخ عرفة درويش الذي قُتل بالرصاص وهو يعتلي المنبر في ديروط . وكذلك الشيخ شعبان راشد الذي قتل وهو يلصق إعلانات عن محاضرة للدكتور عمر عبدالرحمن وأسفرت حملات الاعتقالات التي كان قد قام بها بدر لتصل إلي ثلاثة آلاف معتقل وقد أسفر تعذيب المعتقلين عن إصابة بعضهم بالشلل في الذراعين أو الساقين أمثال المهندس طارق العطيفي والذي يمشي الآن علي كرسي متحرك ومنهم من مات من شدة التعذيب مثل مصطفي بلبص وهناك من لم يتم العثور عليه حيا أو ميتا مثل أحمد حرب. ومن جانبهم كان الرد الصارم من قبل قادة الجماعة الذين حاولوا تفجير سيارة ملغومة يقودها أحد أعضاء الجماعة في موكب وزير الداخلية آنذاك زكي بدر بالقاهرة، لكن المتفجرات لم تنفجر لوجود عدد من الأعطال الفنية بها عام (90) كما إغتالوا عدد من كبار ضباط مباحث أمن الدولة بالقاهرة و الصعيد و لكن الأغلبية العظمي كانت في الصعيد مركز ثقل الجماعة. كما شنوا في عام 94 حملة جهادية ضد عدد من البنوك بالقاهرة والجيزة عبر بث شحنات ناسفة ضعيفة أمام هذه البنوك لترهيب الناس من التعامل معها, و في عام 1995م حاولت مجموعة من أعضاء الجماعة الاسلامية إغتيال الرئيس المصري حسني مبارك في أديس أبابا عاصمة أثيوبيا أثناء توجهه لحضور إجتماع القمة الإفريقية لكن العملية فشلت. وشهدت الفترة التي تولى فيها موسي وزارة الداخلية المصرية أحداثاً متوترة حيث تصاعدت وتيرة العنف والمواجهة الدموية المسلحة بين الأجهزة الأمنية والجماعات الأصولية المسلحة أمثال الجماعة الإسلامية وتنظيم الجهاد الإسلامي وكانت الحالة الأمنية داخل مصر تمر بمنعطف أخطر منذ اغتيال الرئىس أنور السادات عام 1981 في عهد وزير الداخلية الأسبق النبوي إسماعيل، الذي أقيل ليحل محله اللواء حسن أبو باشا، أحد الذين تعرضوا لمحاولات الاغتيال من قبل الجماعات المسلحة، ثم أعقبه اللواء أحمد رشدي الذي أقيل في أحداث الأمن المركزي عام 1984، ليخلفه اللواء زكي بدر ثم محمد عبد الحليم موسى بعد ذلك . ومنذ عام 1990 تصاعدت وتيرة العنف بين الأجهزة الامنية والجماعات الأصولية الدينية، خاصة بعد مقتل علاء محيي الدين، المتحدث الرسمي باسم الجماعة الإسلامية وهو ما اعتبرته الجماعة اغتيالاً أمنياً قررت بموجبه الرد على هذا الاجراء وبالفعل خططت الجماعة لاغتيال وزير الداخلية محمد عبد الحليم موسى في نفس العام غير أن القدر وقف لصالحه ليتم اغتيال رئيس البرلمان السابق الدكتور رفعت المحجوب بدلاً منه . وفي تلك المرحلة تم الكشف عن أهم قضية لهذه الجماعة وهي قضية العائدون من أفغانستان التي ضمت 26 متهماً وصدرت فيها أحكام بالاعدام ضد 8 متهمين بينهم 5 هاربين وسجن 15 متهماً وبراءة ثلاثة آخرين ورغم هذه الأحداث المتصاعدة إلا أن موسى تبنى محاولات لاجراء حوارات مع قادة الجماعة. ومع بداية عهد اللواء حسن الالفي نجد أنه دخل الوزارة حاملا رسالة واحدة مفادها أن عنف الجماعة يقابله عنف أشد من الأمن، وأن سياسة القبضة الحديدية هى السبيل لتجفيف منابع الإرهاب الذى بدأ فى عهده يستورد من الخارج، حيث لم تقل وتيرة العنف عن مرحلة زكى بدر بل أخطر، حيث أدار النظام معركة إعلامية نجح فيها فى تشويه الحركة الجهادية بصورة كبيرة. ومن جانبه تجاهل اللواء الألفى مبادرة "نبذ العنف" التي تقدمت بها الجماعة الأصولية المسلحة عام 97، خوفًا من أن يلقى مصير سلفه اللواء موسى، بل على العكس زادت عمليات الاعتقال والتصفية الجسدية لقادة التنظيم ، لولا تدخل قيادات الخارج وقيامهم بعملية الأقصر نهاية 97 التى كانت السبب وراء الإطاحة بالألفى لينهى فصلا آخر من فصول الصراع الدموى بين الطرفين إلي ان جاء اللواء حبيب العادلي ليحصد ثمار مبادرة وقف العنف ثم المراجعات للجماعة الإسلامية، والجهاد . وفي السادس والعشرين من إبريل عام 99 قامت وزارة الداخلية بالافراج عن 1200 من أعضاء تنظيم "الجماعة الإسلامية" كانوا قد اعتقلوا خلال السنوات الماضية بموجب المادة (3) من قانون الطوارئ التى تجيز للسلطات الأمنية اعتقال الأشخاص "الخطرين على الأمن والنظام العام". جاء هذا ضمن سلسلة إجراءات التهدئة التى اتخذها وزير الداخلية الاسبق المحبوس حاليا في سجن طرة، اللواء حبيب العادلى منذ توليه منصبه فى أعقاب مذبحة الدير البحري فى نوفمبر 1997، والتى استهدفت حسب بعض التصريحات الصادرة عن الوزارة "تصفية مواقف المعتقلين ومنح الحرية لكل من يثبت أنه لا يمثل خطورة على حالة الأمن ويثبت أيضاً أنه لن ينخرط فى أعمال منافية للقانون مستقبلاً". وقد أفرجت الوزارة فى ظل تلك الإجراءات عن نحو ستة آلاف معتقل على خمس دفعات، كانت أكبرهم تلك الدفعة الأخيرة.
