قام بنك مصر بتفعيل خدمة سداد الضرائب والجمارك الكترونياً وذلك بالتعاون مع المسئولين عن السداد الإلكتروني لمدفوعات الحكومة والهيئات الحكومية بوزارة المالية، هذا ويتيح البنك خدمة سداد الضرائب والجمارك الكترونياً من خلال شبكة من الفروع عددها 296 فرع منتشرة في جميع أنحاء الجمهورية وتيسيرا على العملاء تقرر مد ساعات العمل ب 60 فرعا لتقديم خدمة السداد الإلكتروني للضرائب، حتى الساعة السابعة مساءً خلال الفترة من الأربعاء الموافق 23/03/2016 حتى الخميس الموافق 31/03/2016، والفترة من الأحد الموافق 24/04/2016 حتى الخميس الموافق 28/04/2016 بالإضافة إلى التعامل من خلال فرع المعاملات الدولية وفرع طلعت حرب – الإسكندرية وفرع وادى النيل يومي الجمعة، الموافق 25/03/2016 و السبت الموافق 26/03/2016 من الساعة الثانية ظهرا حتى الساعة السابعة مساءً، و يومي الجمعة الموافق 29/04/2016 و السبت الموافق 30/04/2016 من الساعة الثانية ظهرا حتى الساعة السابعة مساءً لتقديم خدمة السداد الإلكتروني للضرائب للعملاء ولمأموريات الضرائب المختلفة. ومن المزايا التي تمنحها خدمة سداد الضرائب للأفراد والمؤسسات، تجنيب العميل المخاطر وتبسيط عملية السداد، وذلك عن طريق السداد المباشر لحساب العميل، مع إعطاء العميل مستندا يفيد قيامه بالسداد، ولم يقتصر الأمر عند هذا الحد بل يمكن للعميل السداد بوسائل مختلفة (نقدا أو خصما من الحساب الجارى)، فضلا عن إتاحة الخدمة للعملاء وغير العملاء، وأخيرا تواجد عدد كبير من منافذ للسداد، كما تساهم الخدمة في توفر عنصري الأمان والسرعة للعميل وذلك لعدم التقيد بالسداد داخل المأمورية المسجل بها، وعدم الالتزام بالتوزيع الجغرافي في إطار التيسير على الممولين وتحقيق اللامركزية فى تحصيل الضرائب، وعدم المخاطرة في حمل الأموال للسداد. أما بالنسبة لخدمة سداد الرسوم الجمركية فيعد بنك مصر أول بنك في مصر يتيح السداد الإلكتروني للجمارك سواء للأفراد أو الهيئات الحكومية منذ ديسمبر 2005، حيث تمكن هذه الخدمة العميل من الاستعلام عن الرسوم الجمركية المستحقة عليه أو على مؤسسته وسدادها من خلال فروع البنك التي تقدم هذه الخدمة حيث يتم التأثير الفورى على بيانات العميل بما يفيد السداد.