قالت الجماعة الإسلامية، إن لجنة الخمسين الخاصة بالتعديلات الدستورية كشفت عن توجهها العلماني والإقصاء للمنافسين السياسين للتيار المسيطر عليها، وبات ذلك واضحا في التعديل الذي تزمع اللجنة القيام به في المادة 54 من الدستور المعطل، بحيث تنص على "حظر إنشاء أحزاب على أساس ديني، أو مباشرتها النشاط السياسي على أساس ديني، أو بما يخالف قيم الديمقراطية". وأضافت في بيان لها أصدرته منذ قليل، أن هذا التعديل يُراد به إلغاء وجود الأحزاب السياسية القائمة على أساس المرجعية الدينية، ويمنح السلطات إلغاء أي حزب لا ترضى عنه بدعوى أنه يخالف قيم الديمقراطية. وأعربت الجماعة الإسلامية وحزب البناء التنمية، عن استنكارها من إصرار اللجنة على منع قيام الأحزاب على أساس ديني، بينما مفهوم ذات النص يبيحه على أساس إلحادي، وهذا يبين الفارق الكبير بين اللجنة الإقصائية، على حسب قولها، والجمعية التأسيسية التي صاغت دستور 2012 والتي لم تتجه إلى حظر تأسيس الأحزاب على أساس علماني أو اشتراكي، واكتفت بمنع تأسيس الأحزاب على أساس التفرقة الدينية والفئوية، حيث نصت المادة 6 في دستور 2012 على: "ولا يجوز قيام حزب سياسى على أساس التفرقة بين المواطنين، بسبب الجنس أو الأصل أو الدين".