يرفض خيرت الشاطر النائب الأول لمرشد جماعة الإخوان المسلمين اتخاذ أي قرار سواء يخص الجماعة أوغيرها دون الرجوع إليه ، بما فيها قرارات الرئيس محمد مرسي ، الذي دخل في معركة إثبات الذات ضد الشاطر إلا أنه لم يحقق الانتصار بعد، خصوصا بعد ماتردد عن وجود خلافات نشبت بين قيادات جماعة الإخوان المسلمين والرئيس من جانب وبين نائب المرشد خيرت الشاطر من جانب آخر، لرفضه الإعلان الدستوري الذي أصدره مرسي مؤخرا. حيث أبلغ الشاطر قيادات الجماعة برفضه الإعلان الدستوري، وأنه كان يتمني ألا يكون هناك أي تحصين للجمعية التأسيسية لوضع الدستور، مضيفاً أنه سيكتب مقالة قريبا في صحيفة لوس أنجلوس تايمز، لتوضيح وجهة نظره، متهما مرسي بالديكتاتورية وعدم الالتزام بقرارات الجماعة. لكن ربما كان غضب الشاطر من الإعلان الدستوري بسبب خوفه من فقد الجماعة القاعدة الشعبية التي كانت تستند عليها دافعا أساسيا وراء قدومه علي هذه الخطوة، لكن سرعان ماتدارك الموقف لذلك حاول علي الفور استمالة السلفيين إلي قرار مرسي ربما ليصور الأمر للشعب بأن الإعلان الدستوري مرتبط بالشريعة ، وهو ماوضح في الحشد الكبير الذي قام به السلفيون في مليونية " الشريعة والشرعية" لتأييد قرارات مرسي. وأدار الشاطر مفاوضات مع قيادات التيار السلفي والجماعة الإسلامية للخروج من هذه الأزمة، حيث اتفقا علي التمسك بتحصين الرئيس للجمعية التأسيسية ومجلس الشوري من ليضمن دستورا يتوافق مع سياسات الإخوان ، بينما تقتصر التعديلات التي من الممكن الموافقة عليها علي تفسيرات لعدد من البنود تضمن احترام الرئيس للسلطة القضائية ووضع ضوابط لسلطته التشريعية. وأراد الشاطر أن يظهر في الصورة علي أنه قائد التيار الإسلامي ككل وأنه منقذ الجماعة من أزمة الدستور ، حيث خرج من مكتب الإرشاد بعد لقائه بعدد من قيادات الجماعة الإسلامية ، وكان في انتظاره عدد كبير من شباب الجماعة وقال لهم " مصر أصبحت لكم افعلوا ما تريدون " . الغريب في الأمر ان الشاطر رفض حضور مؤتمر جماعة الاخوان أمس الأول وفضل أن يظهر مع السلفيين في مؤتمرهم الذي أعلنوا فيه انهم مستعدون لتقديم مليون شهيد للدفاع عن مرسي. والحقيقة ان ذلك ليس حبا في مرسي ولكنه ضمانة لاستمرار الاستيلاء علي السلطة فالشاطر لا يتفق مع مرسي مطلقاً.. ودخل معه في خلافات كبيرة آخرها «ازمة الاعلان الدستوري» ووفقا للمصادر لم يكن هذا الخلاف الأول بين الرئيس والشاطر ، فربما كان الشاطر يعتقد أن مرسي سوف يعود إليه قبل اتخاذ أي قرار مثلما هو الحال داخل الجماعة وحزب الحرية والعدالة ، لكن فيما يبدو بعد وصول مرسي لكرسي الرئيس شعر بأنه يجب عليه أن يمارس سلطته علي قيادات الجماعة وأولهم الشاطر، وهو ماوضح في غضب الأخير عندما قام الرئيس بتفويض صلاحياته بعد مغادرته في إحدي الزيارات الخارجية إلي وزير الدفاع الفريق أول عبدالفتاح السيسي وليس رئيس الوزراء هشام قنديل كما كان يرغب الشاطر حيث قام النائب الأول بتذكير مرسي بأنه هو من قام بتزكية ترشيحه للرئاسة كبديل عنه . ووصلت الخلافات بين الشاطر ومرسي إلي الحد الذي يمكن القول معه، إن هناك شبه أنقسام داخل الجماعة بين جبهتين الأولي يقودها الرئيس محمد مرسي، والثانية يقودها خيرت الشاطر وزير اقتصاد الجماعة والرجل القوي وصاحب النفوذ. وكان موقع "المونتور" الأمريكي قد كشف عن وجود هذه الخلافات ، موضحا أن الشرارة الأولي بدأت في رحلة الصين، حينما اصطحب مرسي معه رجل الاقتصاد المعروف حسن مالك كرئيس للوفد الاقتصادي، ولم يصطحب خيرت الشاطر، وهو ما اعتبره الفريق الموالي للشاطر محاولة تهميش له. واتسعت الفجوة مع تعمد مرسي إبعاد الشاطر عن القضايا الرئيسية للبلاد، وعدم الاستعانة به في أي مناصب أو حتي ظهوره إعلاميا معه. وفي محاولة للانتقام ورد الاعتبار كان تعليق الشاطر المثير للجدل بأن مشروع المائة يوم الذي أعلن عنه مرسي لم يحقق شيئا ، بل مشروع النهضة مجرد فكرة، وهو التصريح الذي استغله خصوم مرسي بشكل كبير لتشويهه. ورأي البعض أن ما يفعله الشاطر ربما يكون بداية لحملة ترشحه للانتخابات الرئاسية القادمة، خاصة أن الجميع يعلم أن مرسي في حد ذاته شخصية ضعيفة بمفرده، ولا يستطيع العمل بعيدا عن الجماعة أو اتخاذ أي قرارات هامة بمفرده، والشاطر هو من يملك مفاتيح الجماعة ويحركها. ومن المعروف أن الشاطر يحاول دائما الاستفادة من المواقف بل وتتبدل قراراته بين الحين والآخر طبقا للمناخ المحيط ، فقد كان من أقوي المعارضين لتقديم الجماعة لمرشح رئاسي ، ويؤكد الكثيرون أنه كان وراء إقالة عبد المنعم أبوالفتوح الذي قرر الترشح للرئاسة بغض النظر عن قرار الجماعة بتقديم مرشح لها ، بينما قرر الشاطر بعد ذلك ترشيح نفسه للانتخابات الأمر الذي يؤكد أن الشاطر لا يعنيه كثيرا اتخاذ قرار معين قدر ما يعنيه أن يكون هذا القرار قد تم اتخاذه من خلاله والدليل أنه أقدم علي الترشح علي الرغم من رفض 60% من المشاركين في اجتماع قيادات الإخوان فكرة تراجع الجماعة عن قرارها بعدم ترشيح أحد أعضائها للرئاسة. وربما أراد الشاطر أن يبحث لنفسه عن منصب هام بالدولة حتي تتاح له فرصة التدخل في إدارة البلاد بشكل رسمي معلن ، حيث أعلن الموقع الرسمي للإخوان المسلمين مؤخرا ، أن الرئاسة تفكّر في تعيين نائب المرشد العام للجماعة خيرت الشاطر، في منصب رئاسة الحكومة خلفاً لهشام قنديل الذي لاقي هجوماً كبيراً جراء حادث أتوبيس أسيوط ، لكن بعد فترة وجيزة تم نفي الخبر دون إبداء أسباب لكن ربما كانت الخلافات السابقة بين الشاطر والرئيس سببا في عدم قبوله المنصب أو تراجع مرسي عن تعيينه. ووفقا للمصادر لم ينضم الشاطر إلي جماعة الإخوان كغيره من الأعضاء لاسيما الذين ينتمون إلي جيل الوسط، حيث انضم أغلبهم عبرطلاب الجماعة الإسلامية، فالشاطر لم ينتم إلي الجماعة الإسلامية، وإنما تعرف في المنصورة علي الشيخين صبري عرفة ومحمد العدوي وهما من قيادات الإخوان التاريخية المحسوبة علي تنظيم 1965 الذي قاده لفترة قصيرة سيد قطب. وتأثر الشاطر بالشيخين واقترب من الإخوان من خلالهما، وعلي مدي تاريخه داخل التنظيم، عرف الشاطر بأنه قريب من رجال التنظيم الخاص وتنظيم 65، حيث عمل مع مصطفي مشهور المرشد الخامس للإخوان المسلمين الذي تولي قيادة الجماعة في الفترة من 1996إلي 2002، وأحد أهم رجال التنظيم الخاص، والمسئول الأول عن إعادة بناء تنظيم الإخوان في الثمانينيات بعد دخول شباب الجماعة الإسلامية إليه. وأوكل مشهور إلي الشاطر مهمة خطيرة، وهي المشاركة مع آخرين فيما سُمي لجنة التوجهات المكلفة بتقديم خطط بعيدة المدي لتطوير الجماعة، وهي اللجنة التي من المفترض أنها أنجزت مشروعا سُمي بخطة التمكين. واكتشفت أجهزة الأمن خطة التمكين عام 1995 حين داهمت مقر شركة سلسبيل للكمبيوتر التي كان الشاطر ومالك يملكانها، وفي حين نفي الإخوان وجود خطة التمكين من الأساس، مؤكدين أن مداهمة شركة سلسبيل ومحاكمات أعضاء الإخوان التي تلتها كانت بسبب منافسات في السوق المصري استفزت رجال البيزنس الملتفين حول نظام الحكم، لكن المحللين والباحثين في شئون الجماعات الإسلامية يؤكدون أن الخطة موجودة وحقيقية وتعبر عن التوجه السياسي السائد في أوساط الجماعة.