فى أول تصريحات له بعد الضجة التى أثيرت خلال الساعات الماضية ووقفه عن العمل قال الدكتور محمد يسرى جعفر، أستاذ العقيدة والفلسفة بجامعة الأزهر: "ليس لدى أى مخالفات وحقيقة الأمر تتعلق بالقضايا العلمية الشائكة التى تثيرها المادة التى أدرسها للطلاب وهى الفلسفة الإسلامية"، منوها أن "المشاكل العلمية لابد أن تكون مقتصرة على قاعات العلم للطلاب وليس مكانها التحقيقات وإنما تحل بالحوار". وأشار إلى أن "الإمام الأكبر شيخ الأزهر سيتدخل لحل هذه المشكلة"، منوها أن "تصعيد الأمر جاء من خلال أحقاد من الزملاء لتحقيق أهداف شخصية، حيث أنه معروف عنى الحضور الطيب بين الطلاب". وأضاف: "من القضايا الشائكة التى يتم إثارتها هى قضية "التنوير" فهناك من يدعو للتنوير من خلال الفكر الغربى ونحن نعارضهم لأن الإسلام بالقران والسنة هو دين التنوير، كما أن بعض التيارات تكفر الفلاسفة المسلمين ونحن لا نكفرهم".