أشاد حزب المصريين الأحرار بالنظام الانتخابي الذي يجمع بين القائمة والفردي مناصفة والذي أعلن عنه المجلس العسكري قبل عدة أيام، وأكد في بيان رسمي له أنه يشكل خطوه تدريجية هامة على درب الانتقال الديمقراطي، مبرراً ذلك بأن النظام الفردي مازال قريبًا من طبيعة الشعب المصري والتي يصعب معها التحول الجذري في النظام الانتخابي، بالإضافة إلى أن الانتخابات بالقائمة النسبية فقط تتطلب وجود حياه حزبية قوية وهو ما لا يتوفر في مصر الآن، حيث أن الأحزاب المصرية في طور النمو والتطور والتعلم. ويرى حزب المصريين الأحرار أن قصر الانتخابات على القائمة الحزبية المغلقة بنسبة 100% يظلم حق المستقلين الذين لا يريدون الانتماء لأحد الأحزاب، خاصةً في تلك المرحلة الانتقالية التي لا تحتمل تغييراً جذرياً في طبيعة النظام الانتخابي وأيضاً مع وجود شبهة عدم دستورية إجراء انتخابات برلمانية طبقًا لنظام القائمة الحزبية بنسبة 100% والتي تهدد بإحتمال صدور حكم بحل البرلمان المنوط به كتابة الدستور، لذا فهم يرون أن المرحلة الحالية لا تحتمل مثل تلك الخطوة التي تدخلنا مرة أخرى في حلقة مفرغة تعود بنا للمربع صفر. وانطلاقًا من مشاركة المصريين الأحرار الأحزاب والقوى السياسية الفاعلة وشرفاء الوطن الخوف من قفز فلول وبقايا الحزب الوطني البائد المنحل على الثورة ومنجزاتها، فقد طالبوا بالتفعيل الفوري لقانون الغدر وتطبيق أقصى عقوبة منصوص عليها تجاه من أفسدوا أو شاركوا في إفساد الحياة السياسية خلال العقود المنصرمة، ومنها منعهم من حق مباشرة حقوقهم السياسية طبقًا لما نص عليه قانون 1954. ورغم أن حزب المصريين الأحرار يؤمن بأن فرصه أكبر في ظل الانتخابات بالقائمة الحزبية وأن نسبته في تحقيق النجاح والهدف المنشود في الانتخابات البرلمانية تصل إلى100% " وفقاً للبيان" فإنه قرر أن يؤثر مصلحة الوطن فوق مصلحته الحزبية الضيقة، والتي تقتضي أن يتحول النظام الانتخابي تدريجيًا. في الوقت نفسه، أبدى الحزب عدة تحفظات على انتخابات القائمة والفردي مع قبول الحزب لها "مؤقتاً" ورفضه بشكل مبدئي مسألة التمييز بين المصريين كقاعدة ثابتة لأسس المساواة والمواطنة انطلاقاً من الإعلان الدستوري الصادر يوم الثلاثون من مارس الماضي كما رفض نسبة ال50% عمال وفلاحين في الانتخابات القادمة إلا في حالة وضع ضوابط تحدد أصحاب صفات العامل والفلاح وآليات تمنع الالتفاف على تلك الصفة كما كان يحدث بالانتخابات البرلمانية في عهد مبارك. كما أكد الحزب أن القانون أجبر الأحزاب على ترشيح امرأة في القائمة وهو يراه الحزب تمييز نسبي غير مقبول بشكل عام على أساس أن المرأة شريك في المجتمع، وإن كان يقبله مرحليًا ولفترة محدودة حتى تُمكن المرأة من ممارسة حقها السياسي إلى أن تكتسب هذه الخبرة ويتم قبولها عند الناخب المصري. وشدد الحزب على أن يرى ضرورة الفصل بين مواعيد إجراء إنتخابات مجلس الشعب ومجلس الشورى حيث أنه طبقاً للقانون فإن الناخب المصري مطالب بالتصويت للمرشح الفرد وكذلك قائمه حزبية، أي أنه طبقًا لما هو معلن فإن الناخب مطالب بالتصويت لمرشحان فرديان (شعب – شورى) وقائمتان حزبيتان (شعب – شورى) مما يؤدي إلى حدوث بلبلة وخلط للناخب على الأقل فى تلك المرحلة، مما قد تتسبب في بطلان أصوات الآلاف من أبناء الوطن. كما أكد الحزب تحفظه على عدم التعامل بجدية مع موضوع الدعاية الدينية، وعدم توضيح الآلية الحاسمة للتعامل مع تلك الظاهرة التي تنمو في المساجد لصالح تيارات بعينها، كما حمل المجلس العسكري ووزارة الأوقاف المسئولية في ذلك وطلب إعطاء فرصة تمكين مؤسسات المجتمع المدني للمراقبة على تلك الحالات وتسجيلها أينما كانت واتخاذ إجراء فوري ضدها تصل إلى حد معاقبة من يستخدم الشعارات الدينية بالاستبعاد. أيضاً تحفظ الحزب على عدم وجود آليات محددة تضمن عدم استخدام المال في العملية الانتخابية، مشدداً على أنه وفي اللحظة الراهنة التي تشهد تدهور اقتصادي وتوقف عجلة الإنتاج فإن هناك ضرورة ملحة للتعامل مع ظاهرة المال السياسي والانتخابي بكل قوة وردع منعًا لتزوير إرادة الناخبين من بعض أصحاب رؤوس الأموال. فضلاً عن تحفظه على اتساع الدوائر الخاصة بالقائمة مما يعطي إشارة من المجلس العسكري بالاتجاه للتحالف لتغطية الدائرة في الصرف على الدعاية وكذلك لاستثمار القوى البشرية، وهو اتجاه واضح للمجلس العسكري يريد دفع الأحزاب إليه في وقت تحتاج فيه الأحزاب لاستقلالية القرار لتبني شخصيتها السياسية وتحدد ملامحها الخاصة للناخب، مما يعطي تنوع لأفكار الدستور القادم. بخلاف عدم توضيح التقسيم الجديد للدوائر الانتخابية، مما يعرقل الأحزاب عن رسم خططها واختيار مرشحيها حتى الآن، كما لم تتضح آليات المراقبة الانتخابية للقضاة، في واقع يحدث لأول مرة بأن تقام فيه انتخابات الشعب والشورى في نفس الوقت وبنظام قائمه وفردي، مع عدم وجدود آليات حاسمة لطريقة الفرز والإجابة عن تساؤلات عدة تخص حق المرشحين للترشح للقائمة والفردي في نفس الوقت، ولم تحل مصادفة نجاحه في الاثنين معًا. كما تضمنت تحفظات الحزب أنه لم ير اختصاصات جديدة لمجلس الشورى حتى تتزن مع ما هو معمول به في دول العالم الديمقراطي بوجود برلمان بغرفتين متوازنين في الصلاحيات والأهمية ولا تطغى إحداهما على الأخرى بتلك الطريقة السافرة، كما لم يشر قانون الانتخابات إلى المصريين بالخارج وهو بذلك يستثني حق ما يقرب من ثماني مليون مصري من اختيار نوابهم وأيضا رئيسهم، ويعد ذلك نزعًا مباشرًا للجنسية وحق الاختيار عن فئة شريفة من أبناء الوطن.