قال الدكتور عبد الحليم قنديل أنه يجوز أن تستمد بعض التيارات برنامجها السياسي من مرجعيتها الدينية ولكن لابد أن تكون هناك مساحة للفصل بين الدين والسياسة لأن ثقافة القتل متجذرة في بعض أيدلوجيات هذه التيارات. وأكد قنديل خلال لقائه على قناة "إم بي سي" مصر أن الإسلام يدعو إلى حفظ النفس والعقل وحرمة الدم ،مستنكرا تصريح الشيخ محمود شعبان التي تصدر صورة مظلمة للإسلام . واستنكر قنديل ما قام به الأمن أمام قصر الإتحادية والذين اعتبروا أن قداسة الحجر أهم من قداسة البشر وقال لو ان هناك ألف قصر جمهوري تم حرقه وتدميره لايساوي روح مصري واحد وأثنى عبد الحليم على تصريحات الشيخ عبد المنعم الشحات" أن الله لايرضى بالظلم واستمرار الخوض في الدم سوف يعاقب عليه الله". وأوضح قنديل أن الرئيس مرسي موظف عام منتخب ولابد من مساءلته ونقده كلما تزايدت صلاحياته وقال هو الأولى أن ينصب على رأسه النقد .