رغم تشكيل اللجان النوعية واكتمال الهيكل التنظيمي، إلَّا أن هناك العديد من الأزمات التي مازالت في انتظار مجلس النواب، ولابد من حلها في أول دور انعقاد، الذي لم يتبق على انتهائه سوى شهرين، مما دفع بعض النواب إلى المطالبة بمد دور الانعقاد الأول. ويبقى من أبرز الأزمات التي لم يناقشها البرلمان، ما جاء في باب المواد الانتقالية بالدستور، الخاص بانتخابات المحليات وإقرار الموازنة العامة والمادة 235 من الدستور وتنص على «يصدر مجلس النواب في أول دور انعقاد له بعد العمل بهذا الدستور قانونًا لتنظيم بناء وترميم الكنائس، بما يكفل حرية ممارسة المسيحيين لشعائرهم الدينية». كما نصت المادة 238 من الباب ذاته على أن تضمن الدولة تنفيذ التزامها بتخصيص الحد الأدنى لمعدلات الإنفاق الحكومي على التعليم، والتعليم العالي والصحة والبحث العلمي، المقررة فى هذا الدستور تدريجيًّا، اعتبارًا من تاريخ العمل به، على أن تلتزم به كاملًا في موازنة الدولة للسنة المالية 2016\2017 بجانب المادة 241، التي تنص على أن يلتزم مجلس النواب في أول دور انعقاد له بعد نفاذ هذا الدستور، بإصدار قانون للعدالة الانتقالية يكفل كشف الحقيقة والمحاسبة، واقتراح أطر المصالحة الوطنية وتعويض الضحايا، وفقًا للمعايير الدولية، بجانب مراجعة كل الاتفاقيات التي وقَّعها رئيس الجمهورية ورئيس الحكومة، على رأسها اتفاقية ترسيم الحدود المصرية مع الجانب السعودي، التي تضم تنازل مصر عن جريزتي تيران وصنافير للسعودية مقابل عرض مالي. ورغم مرور 5 أشهر على انعقاد أول جلسات المجلس يوم 10 يناير الماضي، لم يتم اتخاذ أي قرار من تلك القرارات التي نص عليها الدستور، والتي تهدد بعوار دستوري في حال عدم تنفيذها في الموعد الذي حدده الدستور. وفي محاولة للخروج من الأزمة، طالب النائب بهاء الدين أبو شقة، الفقيه القانوني ونائب رئيس الحزب الوفد، بمد دور الانعقاد؛ حتى يكون هناك وقت كاف للنواب لتنفيذ ما جاء في الدستور، مشيرًا إلى أن الوقت لا يكفي، حيث لم يتبق من دور الانعقاد الأول أقل من شهرين، والنصوص الدستورية تحتاج إلى وقت أطول، وذلك يتوافق مع القانون والدستور الذين يعطيان الحق في تغيير بعض المواد إذا كانت هناك حاجة ضرورية لذلك. في السياق ذاته قال النائب عبد العزيز شعبان: المجلس مقيد بمناقشة الموازنة العامة خلال الفترة المقبلة، بجانب العمل على مراجعة الاتفاقيات التي أجرتها الدولة، على رأسها اتفاقية ترسيم الحدود، التي أثارت حالة من الجدل والغضب في الشارع المصري، وبهذا يكون دور الانعقاد الأول قد انتهى وفقًا للدستور، ولذلك لابد من إيجاد حل إما مد دور الانعقاد عدة أسابيع أو تأجيل نظر ما جاء في باب المواد الانتقالية، وهذا يدخلنا في جدل حول دستورية هذا القرار، لكن أرى أنه من الأفضل مد دور الانعقاد.