بعد الإطاحة برجل الأعمال نجيب ساويرس من حزب المصريين الأحرار، من خلال حل مجلس الأمناء، بدأ الدكتور عصام خليل، رئيس الحزب، إبعاد قيادات الحزب التي تدين بالولاء لرجل الأعمال، وكانت البداية بعزل المتحدث الرسمي للحزب شهاب وجيه، المقرب من ساويرس. قرار العزل شمل الدكتور محمود العلايلي، رئيس اللجان النوعية بالحزب، الذي كان يتولى أيضًا منصب الأمين العام، حيث قرر خليل عزله من منصبه، بينما لم يتمكن من فصله من الهيئة العليا، كما تضمن القرار تولي منتصر مالك العمدة مهام القائم بأعمال أمين اللجان النوعية، وهو الأمر نفسه الذي حدث مع أحمد خير، عضو الهيئة العليا والأمين العام السابق للحزب. كما امتنع خليل عن تجديد العضوية لأكثر من 50 من أعضاء الهيئة العليا بالحزب، من بينهم محمد البيلي، المرشح لرئاسة الحزب، وأحمد سامر، وسهير الشلقاني، وأنطوانت بسطا، ولبني الفقي، وهاني خليل، مما دفع هؤلاء الأعضاء لعمل محضر في قسم شرطة مصر الجديدة؛ لإثبات رفض الحزب استلام قيمة الاشتراك السنوي، ورفض تجديد العضوية. الدكتور محمود العلايلي قال ل"البديل" إن ما يحدث هو حلقة من مسلسل تفريغ الحزب من قياداته والتنكيل بأي شخص كان يرغب في بقاء حزب المصريين الأحرار في صدارة المشهد، مؤكدًا أنه كان يتوقع الإطاحة بكل الأعضاء الذين رفضوا قرارات المؤتمر العام الذي عقد مطلع الشهر الماضي، والتي كان من بينها حل مجلس الأمناء، على خلاف ما تنص عليه اللائحة الداخلية للحزب. وأضاف العلايلي أن عشرات من أعضاء الحزب اضطروا لتحرير محاضر في قسم الشرطة بعد كل هذه المخلفات، مؤكدًا أنهم سيسلكون الطريق القانوني لإثبات عدم مشروعية كل ما يحدث، وأن هناك قضية مرفوعة ضد قرارات المؤتمر العام سوف يضيفون إليها التطورات الأخيرة. وأشار إلى أن مجلس أمناء حزب المصريين الأحرار قرر فتح مقره الكائن بشارع الشيخ ريحان بوسط القاهرة "قصر محمد محمود باشا"، بدءًا من يوم الأربعاء المقبل، لاستقبال الأعضاء المؤسسين والقدامى وكل أبناء الحزب من جميع محافظات مصر، الذين يحملون عضوية عاملة أو الذين لم يتمكنوا من تفعيلها أو تجديدها خلال الفترة الماضية، بسبب ممارسات إدارة الحزب الحالية. في السياق نفسه قال راجي سليمان، وكيل مجلس الأمناء، إن لائحة حزب المصريين الأحرار، التى أقرتها لجنة الأحزاب السياسية في يناير 2015، ما زالت هى لائحة الحزب الأساسية، ولا يزال مجلس الأمناء قائمًا، ولم يؤشر في سجل الحزب لدى لجنة الأحزاب بأي أمر مخالف لها، وبالتالي فهم يمارسون عملهم الحزبي على أساس أن مجلس الأمناء قائم، وأن اللائحة قائمة ولم تتغير، مؤكدًا أن كل ما يقوله قيادات الحزب حاليًّا غير لائحي وغير منضبط. وأضاف: اتخذنا عدة إجراءات قانونية، بداية من 5 يناير الماضي، واطلعنا على ما قدمه قيادات الحزب الحاليون إلى لجنة الأحزاب السياسية، عقب ما أسموه بالمؤتمر العام فى 5 يناير الماضي، ثم تقدم مجلس الأمناء بطلب فى 16 يناير من الشهر نفسه للجنة، يطالب فيه بعدم الاعتداد بكل قرارات الاجتماع الذى تم؛ لصدورها بالمخالفة للائحة النظام الأساسي للحزب. من جانبه قال نادر الشرقاوي، الأمين العام للحزب، إن القرارات التي اتخذت منذ المؤتمر العام الذي عقد في نهاية شهر ديسمبر الماضي وحتي أمس تمت وفقًا للائحة الداخلية للحزب، بما فيها إعفاء العلايلي من منصب رئيس اللجان النوعية، حيث كان اختياره بالتعيين وليس بالانتخاب.