مازالت المياه الجوفية تمليء البدروم الواقع أسفل مسجد الحسن بالسيل الجديد ، وتصل إلي حوالي نصف متر ويتم شفطها من حين لآخر خشية تأثرها علي أساسات المسجد ووقوع كارثة قد تطيل مئات المصلين خاصة في صلاة الجمعة ، ويشعر المصلين بأهتزاز أرضية المسجد عند مرور أي شخص . يذكر أنه تم ابلاغ أوقاف أسوان وحضر عدد من المهندسين لمعرفة مصدر هذه المياه واتفقوا أن المسجد بني فوق بئر كبير ولم يظهر إلا في آخر 5 سنوات ، وتم أسناد العملية إلي أحد المقاولين الذي تعامل مع المشكلة بما يملك من امكانيات ولم يستطع إيقاف تدفق المياه . ويقول عبد الرحيم محمد مدير الإدارة الهندسية بأوقاف أسوان تعاملنا مع هذه المشكلة من قبل وقمنا بتغطية أرضية البدروم بطبقة عازلة مخلوطة بالأسمنت المسلح ولكنها ظهرت مرة أخري ، وقمنا بإبلاغ هيئة مياه الشرب والصرف الصحي من أجل معرفة مصدر هذه المياه التي بدأت تتسرب من الحوائط الجانبية بعد أن كانت تخرج من باطن الأرض في بدايتها ، وأضاف علي ضوء ذلك ستحدد شركة المياه نوعية المياه إذا كانت خاصة بمياه الشرب ومتسربه نتيجة كسر في إحدي المواسير أو مياه صرف صحي أو جوفية نتيجة وقوع المنطقة في دائرة آبار جوفية منتشرة من الشلال حتي منطقة خور عواضة .