يطرح التيار العلمانى القبطى نفسه كتجمع لبعض الرموز الفكرية المهمومة بالشأن الكنسى والشأن العام فى إطار فكرى ثقافى يسعى للبحث فى الإشكاليات القبطية البينية والعامة ، لتقديم رؤى فكرية ثقافية محددة لحلها،وهو تعريف يناقض فى حد ذاته مفهوم العلمانية، فالمصطلح مرادف لكلمة عالَم ، بالإنجليزية Laicism والفرنسية Laïcisme وهما مشتقتان من الكلمة اليونانية "شعب"، "رعاع" أي عكس "الكهنة" وهم النخبة في الماضي ،وبالتالى تدل الكلمة على القضايا الشعبية "الدنيوية"، بعكس الكهنوتية "الدينية"،وتعنى بالمعنى الفكرى فصل الدين عن الدولة ونظام الحكم. ويتناقض أيضا مصطلح العلمانية مع مطلب مؤتمرهم الأخير بإنشاء مجلس نيابى للكنيسة المصرية يحدد شكل العلاقة بين الأقباط والجهات الحكومية وإعداد مشاريع قوانين الأحوال الشخصية للأقباط إضافة إلى مطالبهم بأن يحصل هذا المجلس على اختصاصات واسعة في مجال التعليم الدينى، وهو ما اعتبره المحللون سابقة خطيرة يمكن على أساسها أن يطالب المسلمون،ومذاهب وديانات أخرى به،ووصفه المفكر القبطى رفيق حبيب أنه محاولة للحصول على سلطات رجال الدين،لصالح العلمانيين،وأشار أن هذا المطلب يغلق تماما ممارسة الحياة السياسية أمام الأقباط ويجعل الكنيسة تقوم بدور المواطن والوطن. ورغم الاختلاف القشرى بين اتجهات العلمانية القبطية حول الطريقة التى يجب انتخاب البابا بها، من خلال انتخاب مباشر من شعب الكنيسة،أو المجمع المقدس والمجلس الملى العام،إلا أن الاختلاف لا يتطرق الى سلطة الكنيسة، وكل منهم ينشد إرضاء كل الأطراف داخل المجتمع القبطى بما فيهم رجال الدين والكهنوت،فقط الخلاف حول قدسية منصب البابا. ويدلل المحللون عدم قدرة التيار العلمانى القبطى على الفصل بين ما هو كهنوتى وما هو دنيوى بقول العلمانيين، إن الحديث عن التقسيم السائد شعبياً بين ( إكليروس وعلمانيين ) هو فى حقيقته تقسيم وظيفي وليس طبقياً ، وهذا هو سر بقاء الكنيسة ونموها ونجاحها فى رسالتها الروحية العظمى،وهو تعريف دينى لوظيفتهم داخل الكنيسة،وتعبير عن مطامع بعضهم فى سلطتها. ويضم التيار العلمانى القبطى مجموعة من المثقفيين الأقباط، هم نبيل منير حبيب وهاني لبيب وكمال غبريال وإسحاق حنا وكمال زاخر ومدحت بشاي وأكرم رفعت،ويعتمدون فى عملهم على القيام بالبحوث والدراسات العلمية والعملية طبقا لوصفهم،وتقديمها إلى المؤسسات المعنية الكنسية والمدنية بعد طرحها للحواروالنقاش ، ولكن هذه الدرسات تناقش قضايا كنسية وليس مدنية ، مثل طرحهم مشاريع لوائح تتعلق بالتأديبات الكنسية ( المحاكمات الكنسية ) ، والمجلس الملى ، وانتخاب البابا البطريرك ، وهى كلها مسائل كهنوتية لا تتعلق بمفهوم المواطنة الذى يروا أن البعض اختزله فى' حقوق الأقباط ' بينما هو يتجاوز هذه الدائرة على أهميتها. ورغم هذا التناقض الذى يراه المحللون والمتابعون للشأن القبطى ، إلا أن كمال زاخر أحد القيادات العلمانية يقول إن التيار العلمانى يؤمن بأن الكنيسة لا تمثل الأقباط فى الشأن العام الوطنى ، ولا تنوب عنه ، فهم مواطنون مصريون يمارسون حياتهم فى المجتمع ويشاركون فى شئونه عبر آليات المجتمع المدنى والقنوات التى ينظمها الدستور بعيداً عن الهوية الدينية.