اقام نور الدين عبد الصمد جابر مدير عام ادارة المواقع الأثرية بالمجلس الأعلى للأثار وكبير الباحثين بقطاع الأثار دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى طالب فيها بإقالة د.محمد عبد المقصود من منصب أمين عام المجلس الأعلى للأثار لاتصاله باستاذة يهودية من جامعة بنجوريون وفقا للتقرير الأمنى صدر من جهة أمنية عليا،ولاتهامه فى قضايا فساد. وذكرت الدعوى التى حملت رقم 49064 لسنة 65 قضائية واختصمت كلا من رئيس الوزراء ونائب رئيس الوزراء ووزير الأثار،أن د.عبد المقصود لم ينل درجة مدير عام لملفه الوظيفى الفاسد حيث صدر ضده حكم محكمة فى الاسماعيلية بالوقف عن العمل 3 أشهر لثبوت جريمة التزوير والكذب فى حقه ،كما صدر ضده حكم أخر بالحبس 6 أشهر من محكمة جنح الزقازيق فى 25 يونيو 2006 لاعتدائه على احد الأساتذة. كما اوضح مقيم الدعوى أن أمين عام المجلس الأعلى للأثار كون ثروة مستغلا نفوذه من خلال منصبه،كما دس الوقيعة بين العاملين. واتهمت الدعوى أمين عام المجلس الأعلى للأثار بالتستر على معارض أثار توت عنخ أمون بالولاياتالمتحدة وعدم اعادة الأثار لمصر ،وانفرد د.زاهى حواس بقرار خروج هذه الأثار إلى الولاياتالمتحدة تنفيذا لأوامر سوزان ثابت حرم الرئيس السابق ،وجنى المطعون ضده بذلك9 مليون جنيه . كما اتهمت الدعوى المطعون ضده بحماية أشخاص قاموا بالتلاعب فى منطقة أثار الهرم بتركيب كاميرات تالفة بمبلغ 30 مليون جنيه مما سهل سرقة مخزنين للأثار بمنطقة الهرم.كما اضافت الدعوى أن أمين عام المجلس الأعلى للأثار قام بحماية بعض المتورطين فى تهريب أثار من القصور الرئاسية ومنها قصور عابدين.