قدم أربع منظمات حقوقية شكوى الى اللجنة القضائية المشرفة على تنظيم الاستفتاء على التعديلات الدستورية المقترحة بشأن مخالفات شابت العملية. وقالت منظمات "مراقبون بلا حدود" و"شبكة المدافعين عن حقوق الانسان" و"تحالف المجتمع المدني للحرية والعدالة والديمقراطية" و"مؤسسة عالم جديد للتنمية وحقوق الانسان", العملية تضمنت أخطاء و تجاوزات في التصويت تؤثر على المعايير الدولية للنزاهة والشفافية في ادارة العملية الانتخابية. ولاحظت تأثيرا على ارادة الناخبين أمام اللجان من جانب الحزب الوطني وجماعة الاخوان المسلمين والسلفيين للادلاء بنعم في التصويت فضلا عن تدخل موظفي اللجان في توجيه الناخبين للموافقة على التعديلات وهو ما يؤثر على النتيجة النهائية للاستفتاء. وشكت هذه المنظمات من عدم انتظام التصويت نتيجة عدم وجود قضاه بصورة كافية في اللجان الانتخابية بنجع حمادي بقنا والبحيرة والمحلة الكبرى بالغربية, ونقص البطاقات الانتخابية في عدة دوائر بالقاهرة والقليوبية وحلوان والجيزة وعدم تقدير اللجنة للاحتياجات الفعلية للتصويت واضطراراها الى طباعة 1.5 مليون بطاقة جديدة ووجود بطاقات دون ختم اللجنة ورفض عدد من القضاه التوقيع عليها وهو ما أدى الى توقف التصويت في عدد من اللجان لمدد تراوحت بين ساعة الى ساعتين. ورصدت قيام "جماعات من الحزب الوطني والاخوان المسلمين والسلفيين بحشد كبير للناخبين واستخدام وسائل النقل الجماعي لتوصيلهم للجان, واستخدام الشائعات المغرضة للتأثير على اختياراتهم بصورة مكثفة من الساعة الرابعة عصرا حتى نهاية التصويت أمام لجان محافظات القاهرة والشرقية والدقهلية والغربية و6 أكتوبر والفيوم وأسوان وهو ما يعد مخالفة قانونية لقواعد اللجنة العليا المشرفة على الانتخابات" . ولاحظت المنظمات الأربع انخفاض نسب التصويت من الساعة الخامسة في اللجان الانتخابية بالبحر الاحمر والسويس والاسماعيلية وشمال وجنوب سيناء باستثناء عدد قليل من اللجان في وسط المدن الرئيسية التي استمر الاقبال عليها لعدم وجودها في مناطق نائية. وقالت إن مدرسة طور سيناء الفندقية تميزت بالاغاني الوطنية ورفع الاعلام المصرية امام اللجنة لجذب الناخبين للتصويت وهو ما قامت به لجنة قصر الثقافة بمدينة الطور لحث الناخبين على التصويت. كما رصد المراقبون عدة مظاهر ايجابية للوحدة الوطنية في اللجان الانتخابية بالمنيا وبني سويف وقنا وسوهاج والاقصر بين الناخبين المسلمين والمسيحيين للحوار المستنير والمعتدل أمام اللجان عن دور التعديلات الدستورية في بناء مصر الحديثة دون حدوث اي نزاع او مشاكل بين الناخبين وهو ما يعبر بصورة واضحة عن حقيقة ورغبة التعايش المشتركة بين أبناء مصر.
