قدمت أربع منظمات حقوقية شكوى الى اللجنة القضائية المشرفة على تنظيم الاستفتاء على التعديلات الدستورية المقترحة بشأن مخالفات شابت العملية وقالت منظمات "مراقبون بلا حدود" و"شبكة المدافعين عن حقوق الانسان" و"تحالف المجتمع المدني للحرية والعدالة والديمقراطية" و"مؤسسة عالم جديد" أن العملية تضمنت أخطاء و تجاوزات في التصويت تؤثر على المعايير الدولية للنزاهة والشفافية في إدارة العملية الانتخابية. ولاحظت تأثيرا على إرادة الناخبين أمام اللجان من جانب الحزب الوطني وجماعة الإخوان المسلمين والسلفيين للادلاء بنعم في التصويت فضلا عن تدخل موظفي اللجان في توجيه الناخبين للموافقة على التعديلات وهو ما يؤثر على النتيجة النهائية للاستفتاء. وشكت هذه المنظمات من عدم انتظام التصويت نتيجة عدم وجود قضاه بصورة كافية في اللجان الانتخابية بنجع حمادي بقنا والبحيرة والمحلة الكبرى بالغربية، ونقص البطاقات الانتخابية في عدة دوائر بالقاهرة والقليوبية وحلوان والجيزة وعدم تقدير اللجنة للاحتياجات الفعلية للتصويت واضطراراها إلى طباعة 5ر1 مليون بطاقة جديدة ووجود بطاقات دون ختم اللجنة ورفض عدد من القضاة التوقيع عليها وهو ما أدى الى توقف التصويت في عدد من اللجان بين ساعة إلى ساعتين. ورصدت قيام "جماعات من الحزب الوطني والإخوان المسلمين والسلفيين بحشد كبير للناخبين واستخدام وسائل النقل الجماعي لتوصيلهم للجان، واستخدام الشائعات المغرضة للتأثير على اختياراتهم بصورة مكثفة من الساعة الرابعة عصرا حتى نهاية التصويت أمام لجان محافظات القاهرة والشرقية والدقهلية والغربية و6 أكتوبر والفيوم وأسوان وهو ما يعد مخالفة قانونية لقواعد اللجنة العليا المشرفة على الانتخابات.