تقدمت منظمات حقوقية بشكوي الي اللجنة القضائية المشرفة علي تنظيم الاستفتاء علي التعديلات الدستورية المقترحة بشأن مخالفات شابت العملية. قالت منظمات "مراقبون بلا حدود" و"شبكة المدافعين عن حقوق الانسان" و"تحالف المجتمع المدني للحرية والعدالة والديمقراطية" و"مؤسسة عالم جديد للتنمية وحقوق الانسان". العملية تضمنت أخطاء وتجاوزات في التصويت تؤثر علي المعايير الدولية للنزاهة والشفافية في ادارة العملية الانتخابية. ولاحظت تأثيرا علي ارادة الناخبين أمام اللجان من جانب الحزب الوطني وجماعة الاخوان المسلمين والسلفيين للادلاء بنعم في التصويت فضلاً عن تدخل موظفي اللجان في توجيه الناخبين للموافقة علي التعديلات وهو ما يؤثر علي النتيجة النهائية للاستفتاء. شكت المنظمات ال 4 من عدم انتظام التصويت نتيجة عدم وجود قضاة بصورة كافية في اللجان الانتخابية بنجع حمادي بقنا والبحيرة والمحلة الكبري بالغربية. ونقص البطاقات الانتخابية في عدة دوائر بالقاهرة والقليوبية وحلوان والجيزة وعدم تقدير اللجنة للاحتياجات الفعلية للتصويت واضطراراها الي طباعة 5.1 مليون بطاقة جديدة ووجود بطاقات دون ختم اللجنة ورفض عدد من القضاة التوقيع عليها وهو ما أدي الي توقف التصويت في عدد من اللجان لمدد تراوحت بين ساعة إلي ساعتين. رصدت قيام "جماعات من الحزب الوطني والاخوان المسلمين والسلفيين بحشد كبير للناخبين واستخدام وسائل النقل الجماعي لتوصيلهم للجان. واستخدام الشائعات المغرضة للتأثير علي اختياراتهم بصورة مكثفة من الساعة الرابعة عصرا حتي نهاية التصويت أمام لجان محافظات القاهرة والشرقية والدقهلية والغربية و6 أكتوبر والفيوم وأسوان وهو ما يعد مخالفة قانونية لقواعد اللجنة العليا المشرفة علي الانتخابات". اكدت منظمات مراقبون بلا حدود وشبكة المدافعين عن حقوق الإنسان وتحالف المجتمع المدني للحرية والعدالة والديمقراطية ومؤسسة عالم جديد للتنمية وحقوق الإنسان ان الاستفتاء شهد اقبالا تطوعيا غير مسبوق من الشعب لاول مرة في تاريخ مصر الحديث بهذه الصورة الكثيفة التي تشهدها اللجان الانتخابية. التي ادت إلي تزاحم الناخبين علي الدخول للجان وانتظارهم بين ساعة إلي 3 ساعات حتي يتمكنوا من الاقتراع. كما رصد المراقبون اهتمام قطاع عريض من الشعب المصري وشباب ثورة 25 يناير والمثقفين للتصويت ب "لا" للتعديلات الدستورية في القاهرة والإسكندرية والسويس وكفر الشيخ وأسوان والاقصر وبني سويف واستخدموا شعارات أمام اللجان للرغبة في دستور جديد. ووجود مؤشرات عن تصويت الناخبين في المناطق الريفية والشعبية والقري بنعم للتعديلات الدستورية. من ناحية أخري أعربت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان عن ترحيبها بقرار المستشار محمد النجار الأمين العام للجنة القضائية العليا المشرفة علي الاستفتاء علي التعديلات الدستورية بشأن مطالبة جميع أعضاء الهيئات القضائية المشرفين علي اللجان الفرعية بمحافظات الجمهورية بالتوقيع علي ظهر بطاقات ابداء الرأي التي لايوجد بها ختم اللجنة. قال د.حسام الإمام رئيس الجمعية المصرية لحقوق الإنسان إن وزارة الداخلية اخطأت في التقدير لعدد اللجان الفرعية في بعض الأحياء والمحافظات مما أدي إلي كثرة الزحام من الوافدين للانتخاب رجالاً ونساء علي حد سواء وظهور امتداد طوابير الانتظار بكثرة أمام مقار اللجان مما أدي لحدوث تشابك بين المواطنين خارج اللجان وقامت اللجان الشعبية بفضها.
