نفى الدكتور أحمد زويل صلته من قريب أو بعيد بمشكلات جامعة النيل؛ مؤكّدا: "مشكلة جامعة النيل مع الحكومة المصرية؛ لأن الحكومة هي مَن اتصل بي لإحياء مشروع مدينة زويل". وأشار زويل -خلال حواره ببرنامج "استوديو 27" الذي يُذاع على التليفزيون المصري- إلى أن الإعلام المصري استخدم اسمه في الحملة الإعلامية الكبيرة وهو لا دخل له بها، معتبرا ذلك بأنه "غير قانوني وغير أخلاقي". وشدّد زويل على أن طلاب جامعة النيل هم ضحية إدارة مُمثّلة في 5 أشخاص لا يريدون حل المشكلة، وأنهم ينفقون بسخاء على الحملة الإعلامية ضده، مؤكّدا أنه حاول 3 مرات حلّ مشكلة جامعة النيل. واستطرد زويل: "لا أدري لماذا يصرّ الإعلام على ربط قضية جامعة النيل باسمي؟ هذا الأمر متعمّد لتشويه صورتي"، ووصف ما يقال حول أن هناك صفقة تمّت بين زويل وبين الحكومة تتمثّل في تنازله عن الترشّح للرئاسة مقابل منحه أرض جامعة النيل؛ بأنه "كلام عبثي". وردا على مَن يقولون إنه يعمل لصالح إسرائيل؛ قال زويل: "من العبث أن يُقال عني أني أعمل لحساب إسرائيل"، مشيرا إلى أن رئيسة قسم الإعلام بإحدى الجامعات ذَكَرت أنه يعمل لصالح إسرائيل في مجال تطوير الصواريخ والأسلحة النووية، مؤكّدا: "رغم أنني لا أعرف عن هذين التخصّصين أي شيء".