كشف مصادر بأن بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية هدد الرئيس محمد مرسي بإستقالة ممثلي الكنيسة القبطية من مجلس الشورى، إذا لم يتم الإستجابة للتعديلات التي قدمها ممثلو الكنائس للمستشار محمود مكي نائب رئيس الجمهورية في جلسات الحوار الوطني. موضحة بأن البابا تقدم بمذكرة لنائب الرئيس عبر فيها عن رفضه للشريعة الإسلامية، مطالباً بإلغاء المادة المفسرة للشريعة تماماً بدعوى أنها كارثية وضد المواطنة. وأضافت بأن الكنائس الثلاثة طالبت بحذف المادة 219 والتي تنص على أن "مبادئ الشريعة الإسلامية تشمل أدلتها الكلية وقواعدها الأصولية والفقهية ومصادرها المعتبرة في مذاهب السنة والجماعة" وذلك وف التعديلات والمقترحات التي تقدم بها ممثلي الكنائس . كما طالبت بحذف العبارات التالية من المادة "4" الخاصة بالأزهر ".. ويتولي نشر الدعوة الإسلامية، وعلوم الدين واللغة العربية في مصر والعالم)، على أن يتم استبدلها ب "ويتولي نشر وتطوير العلوم والمعارف الإسلامية والدفاع عن وسطية الإسلام وسماحته في مختلف بلاد العالم". وكذلك طالبت بحذف النص ".. ويؤخذ رأي هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف في الشئون المتعلقة بالشريعة الإسلامية"، وتعديلها إلى ".. ويؤخذ رأي هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف في الشأن الإسلامي". وتضمنت مطالب الكنائس أيضًا، حذف الفقرة الثانية من المادة (81) والتي تنص على ".. وتمارس هذه الحقوق والحريات بما لا يتعارض مع الأحكام والمبادئ الواردة في باب الدولة والمجتمع بهذا الدستور". علاوة على حذف المادة (227) والتى تنص على كل منصب، يعين له الدستور أو القانون مدة ولاية محددة، غير قابلة للتجديد أو قابلة لمرة واحدة، يحتسب بدء هذه الولاية من تاريخ شغل المنصب. وتنتهى هذه الولاية فى كل الأحوال متى بلغ صاحبها السن المقررة قانونًا لتقاعد شاغلها. إلى جانب حذف المادة 230، والتى تنص على " يتولى مجلس الشورى القائم بتشكيله الحالى سلطة التشريع كاملة حتى انعقاد مجلس النواب الجديد، وتنتقل إليه السلطة التشريعية كاملة لحين انتخاب مجلس الشورى الجديد وذلك خلال ستة أشهر من تاريخ انعقاد مجلس النواب. فضلا عن المادة 233, التى تنص على " يستمر العمل بنظام الإدارة المحلية القائم إلى أن يتم تطبيق النظام المنصوص عليه فى الدستور بالتدريج خلال عشر سنوات من تاريخ العمل به، وتعديل مواد الصحافة بما يحذر العقوبات السالبة للحرية على جرائم النشر". وأخيراً إضافة نص يحظر إنشاء أحزاب على أساس ديني . وفجر المصدر مفاجأة من العيار الثقيل بتأكيده أن الكنيسة الإنجيلية والكاثوليكية لا تنتويان سحب مرشحيها من الشوري حال رفض التعديلات ، بعكس موقف البابا تواضروس الذي يصر علي الاستجابة للتعديلات خصوصاً ما يتعلق بالشريعة و الأزهر وحظر قيام الأحزاب علي أساس ديني .