أكد نبيل نعيم زعيم تنظيم الجهاد في مصر والذراع اليمنى للدكتور أيمن الظواهري الرجل الأول في تنظيم القاعدة سابقاً أن "الحملة التي تشنها قوات الجيش والشرطة في سيناء ضد الجماعات التكفيرية المتورطة في حادث رفح لن تجد ولن يكون لها تأثير كبير في القضاء على هذه الجماعات". وقال "أعضاء الجماعات التكفيرية الذين ارتكبوا الحادث كانوا يدركون تماماً أنه سيكون هناك رد فعل للحادث لذا فروا إلى الجبال والمغارات التي يصعب الوصول إليها سواء من قوات الجيش أو الشرطة". وأكد أن "الجماعات التكفيرية هي المسئول الأول عن هذا الحادث وليست إسرائيل كما يردد البعض أو حركة حماس كما يرى آخرون"، لافتاً إلى أن "هناك تعاون وتنسيق بين جماعات التكفير في مصر وغزة عند القيام بمثل هذه الحوادث". وتابع نعيم "الجماعات التكفيرية نشأت على يد طبيب الأسنان الدكتور خالد مساعد الذي اعتنق الفكر التكفيري وقام بتأسيس هذه الجماعات في سيناء والتي قامت بتفجيرات طابا وشرم الشيخ إلا أنه قتل خلال مداهمات الأمن عقب هذه الحوادث عام 2005 ، مشيراً إلى أنه "بعد موت خالد انقسمت هذه الجماعات إلى مجموعات فرعية منها جماعة الشوقيين في محافظة الفيوم والتي هرب أعضاؤها من ملاحقات الأمن لهم إلى العريش والشيخ زويد بسيناء وسموا أنفسهم جماعة التكفير والهجرة ثم قاموا بتغيير المسمى إلى القاعدة والجهاد".