تواجه جامعة النيل ازمة حقيقية هذه الايام بسبب أقام أولياء أمور طلاب جامعة النيل، دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الاداري لاسترداد أرض الجامعة التي منحتها الحكومة الى مدينة زويل، كما أدانوا تصريحات فايزة أبو النجا، وزيرة التعاون الدولي، مؤكدين حق أبناء الجامعة في معاملها ومبانيها. وأوضح أولياء الأمور ان جامعة النيل أقيمت تطبيقاً لما ورد في الخطة القومية لتكنولوجيا المعلومات والاتصالات، ونشأت في البداية كجامعة خاصة لا تهدف للربح، لأنه لم يكن هناك قانون للجامعات الأهلية، وبسبب غياب القانون الأخير تم تخصيص الأرض لجهة ذات نفع عام، هي الجمعية المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي، أي ان جامعة النيل ملك للشعب المصري وليست ملك أفراد.