احتوى التليفون المحمول المضبوط مع "أحمد علي عبده عفيفي"، المتهم في قضية "التخابر مع قطر"، على 43 مجلدا وملفا. وحوت ثمانية من تلك المجلدات على برامج لازمة لتشغيل الهاتف، وحوى المجلد التاسع، الذي حمل اسم " recording" على ثلاثة مجلدات، الأول منها تتضمن محادثة هاتفية مسجلة بين شخصين أحدهما يدعى فريد دار حديثهما حول تسجيل بعض مقاطع الفيديو عن ما يُسمى ب "الشرعية" . أما عن المجلد الثاني فقد حوى محادثة تليفونية مسجلة بين شخصين أثبت القاضي أن الصوت غير واضح، ولكنه أثبت أن المكالمة تدور حول ضابط جيش، تم "تثبيته" أمام الكاتدرائية، وأن هناك أحكام براءة كثيرة وتم الإفراج عن شخصين هما "ياسر هيكل"، و الآخر يدعى "أنس". وتضمن المجلد الثالث على 16 "ملف صوت " الأول منها كان عبارة عن حوار بين شخصين غير واضح، والثاني عبارة عن حوار بين رجل وسيدة أثبت القاضي أن ملف الصوت الذي احتوى على تلك المكالمة دون عليه كلمة "in" وهو ما يعني -وفق إفادة الفني المختص- أن الهاتف استقبل تلك المكالمة من رقم المحمول المدون على المكالمة، ودارت المكالمة حول طمأنة السيدة على مكان تواجد الرجل ليقوم بتطمينها وأنه عند شخص يدعى "محمد" لتثبت المحكمة بأن باقي العبارات لم يتم فهمها. وضمت عدد من ملفات الصوت التالية لتلك المحادثة إعلان صوتي لأحد شركات المحمول وهو الذي غالباً يصاحب بداية المكالمات الهاتفية عن خدمة ال " call tone"، فيما لم تتبين المحكمة من مضمون حديث هاتفي آخر تضمنه المجلد بين رجل وسيدة سوى جملة " اقفلي يا هبة "
وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها: ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعملون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على حريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، بهدف تغيير نظام الحكم بالقوة والإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه.