رصدت غرفة عمليات مركز ابن خلدون لمتابعة عملية الاستفتاء على الدستور العديد من الانتهاكات تمثلت في غلق العديد من اللجان بسبب أعمال الشغب والعنف وعدم وجود الكشوفات التي تحتوي على بيانات الناخبين في العديد من اللجان. وكان من أبرز تلك الانتهاكات منع الأعلاميين من حضور المؤتمر الصحفي التي أعدته اللجنة العليا للاستفتاء على الدستور عدا التليفزيون المصري فقط وأيضًا طرده الأعلاميين والمراقبين من داخل العديد من اللجان بمختلف المحافظات على الرغم من إعلان اللجنة العليا للاستفتاء على الدستور السماح لهم بالدخول بكارنيهات تدل على مكان العمل. ورصدت غرفة عمليات "ابن خلدون" بمحافظة الدقهلية مركز المنصورة مدرسة جديلة الابتدائية قيام أنصار حزب الحرية والعدالة بطرد الصحفيين، وأيضًا عدم السماح لرجال الإعلام والصحافة بدخول بعض اللجان في مدارس المعادي القومية، وشجرة الدر الابتدائية بصقر قريش، والشيماء الثانوية بنات بصقر قريش بدون تصاريح، على الرغم من إعلان اللجنة العليا للاستفتاء على الدستور السماح لهم بالدخول. كما رصدت غرفة العمليات رفض القضاة المشرفون على لجنتي مدرسة البهية البرهامية ومدرسة الشهيد عبد الحافظ بالسيدة زينب، دخول الصحفيين ومراسلي القنوات الفضائية ووكالات الأنباء العالمية للجان، بحجة تعطيلهم لسير عملية التصويت. كما رصدت غرفة عمليات ابن خلدون اعتداء أعضاء الحرية والعدالة بلجنة المدرسة الزخرفية بأسيوط على أحد المراقبين ويدعى كيرلس مجدي وهو مراقب للاستفتاء تابع لجمعية المشاركة المجتمعية، وأنه جار تحرير محضر ضد حزب الحرية والعدالة بسبب الاعتداء الذي وقع على المراقب. ورصدت غرفة عمليات مركز "ابن خلدون" بمحافظة الشرقية دائرة بلبيس بمدرسة بني عليم الابتدائية انه تم منع الناخبين من دخول اللجنة من قبل بعض الأشخاص. كما تم رصد العديد من الاشتباكات بين مؤيدي ومعارضي الدستور في العديد من اللجان بمنطقتي الدرب الأحمر والخليفة بمحافظة القاهرة. وكشفت الغرفة عن رفض قاضي اللجنة رقم 14 بمدرسة السلام التجريبية بطنطا بمحافظة الغربية دخول مندوب المجلس القومي لحقوق الإنسان لمقر اللجنة بدعوى أن البطاقة الحقوقية غير مختومة من اللجنة العليا للانتخابات. كما رصدت غرفة العمليات بلجنة 23 بمدرسة ابن النفيس بمدينة نصر منع الأقباط من التصويت. وأكدت داليا زيادة مديرة مركز ابن خلدون أن استمرار منع الإعلاميين والمراقبين من متابعة العملية الانتخابية يهدد مسار العملية بالكامل ويشكك في نية الدولة في نزاهة الاستفتاء.