أصدرت مصلحة الضرائب تعليمات تفسيرية رقم 3 لسنة 2016 تسمح بخصم الضريبة الإضافية التي فرضت على كل من يتجاوز دخله السنوي مليون جنيه من وعاء ضريبة الدخل على الأرباح التجارية والصناعية. جاءت التعليمات ردًا على استفسار بعض الجهات عن مدي جواز خصم الضريبة الإضافية من وعاء ضريبة الدخل، إلى وضع عدد من الضوابط لتنظيم عملية الخصم، أولها أن يكون الممول هو المتحمل لعبء الضريبة الإضافية، وأن تكون هذه المبالغ التي تم سدادها وفاءًا بالضريبة الإضافية تتعلق بذات العام الذي يجري محاسبة الممول عنه ضريبيًا. وأكدت أن سبب خصم هذه الضريبة الإضافية التي تم إلغائها، يرجع إلى أن قانون ضريبة الدخل رقم 91 لسنة 2005 نص في مادته رقم 23 على أنه "يعد من التكاليف واجبة الخصم الرسوم والضرائب التي تتحملها المنشأة عدا الضريبة التي تؤديها طبقا لقانون ضريبة الدخل"، وبما أن الضريبة الإضافية تقررت بموجب القرار بقانون رقم 44 لسنة 2014 كضريبة سنوية إضافية يؤديها مباشرة كل ممول او منشأة يتجاوز دخلها السنوي المليون جنيه، الأمر الذي يسمح لمؤديها بخصمها من وعاء ضريبة الدخل تطبيقًا لنص المادة 23 من قانون ضريبة الدخل. وأضافت التعليمات أن أصحاب المهن الحرة والمهن غير التجارية سيستفيدون أيضا بخصم الضريبة الإضافية من وعاء ضريبة الدخل المستحقة عليهم ، حيث إن الضريبة المقررة على النشاط المهني أو غير التجاري تؤدى بمناسبة مباشرة الممول لمهنته الحرة أو نشاطه غير التجاري، فإذا أدى كذلك ضريبة أضافية فإنه يصبح بذلك من حقه اعتبارها من التكاليف واجبة الخصم. وحول سبب اشتراط أن تتعلق الضريبة الإضافية بذات سنة المحاسبة أوضحت التعليمات أن ذلك يرجع لمبدأ استقلال السنوات الضريبية ،وهو ما أكده حكم محكمة النقض في الطعن رقم 1448 لسنة 72 قضائية بجلسة 24 ديسمبر من عام 2002 ، حيث أكد هذا الحكم أن كل سنة مالية للمنشأة الخاضعة للضريبة تعتبر وحدة قائمة بذاتها ومستقلة عن غيرها من السنوات عملا بمبدأ سنوية الضريبة. وأشارت مصلحة الضرائب أن هذه التعليمات تم تعميمها على جميع المناطق الضريبية والإدارة المركزية للتوجيه والرقابة والإدارات التابعة لها لمراعاة تنفيذ المأموريات الضريبية المختلفة لهذه التعليمات. وتعليقًا على هذه التعليمات أكد عمرو المنير نائب وزير المالية للسياسات الضريبية حرص وزارة المالية على إعلاء سياسة الإفصاح والشفافية واستعادة ثقة المجتمع في الإدارة الضريبية بجانب الاهتمام بالرد على أي تساؤلات للممولين، حيث جاءت ردًا على تساؤلات لمكاتب المحاسبة الضريبية ممولي الضرائب ، لافتا إلى أن هذه التعليمات تؤكد أيضا علاقة الشراكة بين الوزارة والممولين. وأضاف، إن وزارة المالية في إطار سياستها لمزيد من الإفصاح والشفافية ومشاركة أوسع مع المجتمع الضريبي ستعمل على شرح المواد القانونية التي تحتاج لمزيد من الشرح والتوضيح سواء بضريبة الدخل أو المبيعات أو حتى ضريبة القيمة المضافة عند إقرارها .
