أثارت تصريحات وزيرة الخارجية الأمريكية هيلاري كلينتون والتي وصفت فيها الحرية الدينية في مصر بالضعيفة جداً الكثير من الجدل إذ اعتبرها البعض في مصر تدخلاً أمريكياً غير مقبول في شؤون مصر، كما قوبل تقرير وزارة الخارجية الأمريكية الخاص بالحريات الدينية لعام 2011 بردود فعل عالمية شتى ما بين مؤيد ومعارض. وقالت كلينتون "أشعر بقلق بالغ من أن احترام الحرية الدينية ضعيف جدا في مصر"، وادعت أن أعمال العنف الطائفي تزايدت منذ سقوط المخلوع حسني مبارك، واتهمت السلطات المصرية بالتقاعس عن محاسبة مرتكبي تلك الجرائم. وأضافت كلينتون :"أن الرئيس مرسى وعد مرارا بأن يكون رئيسا لكل المصريين بغض النظر عن دينهم"، إلا أنها استمعت إلى الأقباط الذين تساءلوا عما إذا كانوا سيحصلون على نفس حقوق غيرهم من المصريين فى الحكومة الجديدة التى يقودها الإخوان المسلمون. وتابعت الوزيرة الأمريكية :"تساءلوا، لأسباب مفهومة، عما إذا كانت الحكومة ستسعى إلى مزيد من الاعتماد على مبادئ الشريعة للمسلمين وغير المسلمين على حد السواء.. وبما أن مصر لم تكن فى مثل هذا الموقف من قبل، فإنه سؤال عادل". من جهته، أعرب القمص صليب متى ساويرس رئيس مركز السلام الدولي لحقوق الإنسان عن رفضه التدخل الأمريكي في شؤون مصر، قائلاً :"ليس من حق أحد التدخل في شؤون المصريين أقباطًا ومسلمين، فكلنا أبناء مصر نختلف مع بعضنا داخليا ولكننا قادرون على حل مشاكلنا فيما بيننا"، موضحاً أنه يرفض الاستقواء بالخارج. وذكرت وكالة أنباء أسوشيتيد برس الأمريكية أن كلينتون ربطت بين مستقبل العلاقات المستقبلية بين الإدارة الأمريكية والرئيس محمد مرسي بمدى احترام مصر لحقوق الأقباط والنساء والأقليات. وكان التقرير الذي صدر يوم الاثنين 30 يوليو الجاري عن الخارجية الأمريكية، قد تناول أحوال الحرية الدينية في 199 دولة وإقليم عبر العالم خلال عام 2011، واختص بثمان دول هي بورما والصين وارتريا وكوريا الشمالية والمملكة السعودية والسودان وأوزباكستان ووصفها بالدول التي تبعث بشدة على القلق حول الحرية الدينية لديها. بينما قالت سوزان جونسون كوك السفيرة الأمريكية لشؤون الحرية الدينية الدولية إنه يجب فرض عقوبات على الدول التي تفشل في احترام حرية مواطنيها، وأشارت إلى أن دولة مثل مصر لديها فرصة جيدة في تحسين مستوى الحرية الدينية في الدستور الجديد، وتابعت :"بعيدا عن وعود القيادات في مصر بأنهم يحترمون الأقليات، فإن أمريكا تتطلع إلى حماية الأقليات الدينية وكافة المواطنين، والالتزام بحقوق الإنسان". واستدل تقرير الحريات الدينية بمذبحة ماسبيرو التي وقعت في 9 أكتوبر 2011 عندما هاجمت قوات الأمن متظاهرين في القاهرة، موضحاً أن 25 شخصا قتلوا وجرح 350 معظمهم من الأقباط، وأضاف "حتى الآن لم يحاسب المسؤولون الحكوميون على أفعالهم. وهناك مؤشرات في أوائل 2012 على تزايد هجرة الأقباط". ووجهت وسائل الإعلام الصينية انتقادات حادة لتقرير الحرية الدينية واصفة إياه بالغير بناء، حيث نعتت وكالة شينخوا الصينية التقرير بأنه أداة سياسية، ترغب خلاله الولاياتالمتحدة في فرض معاييرها الخاصة على العالم. يأتي ذلك في الوقت الذي وصف فيه الدكتور توماس فار مدير مشروع الحرية الدينية في مركز باركلي للسلام أنه على الرغم من أن التقرير يقدم بلورة شاملة لانتهاكات الحرية الدينية إلا أنه يبدو نظريا أكثر منه عمليا، ويقف عاجزا على وضع حلول للأزمة بطرق مركزة وفعالة.