كشفت وثائق مسربة من تقرير لجنة تقصي الحقائق التي عينها الرئيس مرسي عن أن السيسي تورط في سفك دماء الثوار إبان أحداث ثورة 25 يناير حين كان يرأس وقتها المخابرات الحربية، وأن عناصر من المخابرات الحربية كانت تنتشر في ميدان التحرير، وأشار التقرير صراحة إلى أن عناصر من المخابرات الحربية والشرطة دخلوا أحد الفنادق في محيط ميدان التحرير ومعهم أسلحتهم وحقائب مغلقة واحتلوا غرفًا مطلة على ميدان التحرير طوال فترة أحداث الثورة وأوصت اللجنة بالتحقيق معهم، وهو ما يعني أن السيسي كان يقوم بنفسه بتوجيه عناصر المخابرات الحربية لارتكاب جرائم القتل ضد المتظاهرين، والتي كانت غالبًا ما تنسب إلى ما يسمى إعلاميًّا ب"الطرف الثالث" فضلًا عن عناصر من أفراد الداخلية الذين انتشروا في جميع أنحاء الجمهورية لتنفيذ الأوامر الصادرة بمنع المظاهرات. وأشارت الوثائق التي تجاهلها قضاة التحقيق أن الداخلية استخدمت أسلحة وذخائر محرمة دوليًّا كما ظهر من دفاتر حركة الذخيرة بتاريخ 2612011. التقرير الذي أشارت الصحف وقتها لأجزاء منها أكد على أن الرئيس المخلوع حسني مبارك كان على علم بكل جرائم القتل التي وقعت في ميدان التحرير ومحيطه عبر كابل مشفر يبث مشاهد حية إلى رئاسة الجمهورية منذ يوم 25 يناير 2011. وهو ما ينسف كل ادعاءاته بأنه لم يكن على علم بمن قتل الثوار كما يؤكد أن حكم البراءة الذي حصل عليه حكم باطل أصدره قضاء مسيس لا سيما أن القاضي الذي أصدر الحكم ببراءة المخلوع قال إنه يحكم بناءً على ما وصل المحكمة من أوراق. كما تؤكد الوثائق المسربة على إدانة إسماعيل الشاعر مدير أمن القاهرة السابق وإشرافه بنفسه على عمليات القتل التي جرت ضد الثوار في ميدان التحرير وعدد آخر من الأماكن حتى انسحاب الشرطة من الشوارع في يوم 28 يناير 2011. كما ذكرت الوثائق أيضًا أن عناصر من أمن الدولة المنحلة تورطت في جرائم القتل بشكل مباشر، وأن الشرطة سيطرت على المستشفيات الحكومية، وكانت تقوم باحتجاز بعض الثوار المصابين. الوثائق أظهرت كذلك تستر قيادات اتحاد الإذاعة والتليفزيون على جرائم القتل؛ حيث قاموا بإتلاف التسجيلات الخاصة بأحداث الثورة وعدم تقديمها لجهات التحقيق. وتؤكد الوثائق المسربة صحة ما صرح به الرئيس محمد مرسي في الجلسة الأخيرة من أن السيسي الذي كان يرأس المخابرات الحربية كان متورطًا في قتل المتظاهرين إبان أحداث ثورة 25 يناير. وكان الرئيس قد صرح أن لجنة تقصي الحقائق التي شكّلها عند توليه الرئاسة، تضمنت شهادات مديري بعض الفنادق بميدان التحرير تدين ضباطًا من جهة أمنية سيادية كانوا يعملون تحت إمرة رئيس المخابرات الحربية وقتها (عبد الفتاح السيسي)، وأن هؤلاء هم المسؤولين عن قنص المتظاهرين خلال ثورة 25 يناير. الوثائق المسربة موقعة من المستشار محمد عزت الشرباصي رئيس لجنة تقصي الحقائق وهي اللجنة المشكلة بقرار رئاسي رقم 10 لسنة 2012. يذكر أن التقرير النهائي للجنة احتوى على 800 ورقة وسُلم للنائب العام المستشار طلعت إبراهيم في 10 يناير 2013 والذي اجتمع بدوره مع أعضاء اللجنة، وأكد وقتها المستشار عمرو فوزي أن تقرير اللجنة سيتم التعامل معه على أنه بلاغ وفقًا لقانون حماية الثورة الذي كان الرئيس قد أصدره، ولقى معارضة شديدة من جانب الإعلام وبعض الحركات والنشطاء. والجدير بالذكر أنه تم إسقاط التقرير من حسابات المحكمة وصدر حكم البراءة في حق المخلوع من تهمة قتل المتظاهرين كما لم يتم التحقيق مع مدير المخابرات الحربية وقتها للوقوف على مدى تورطه في جرائم القتل.
