استنكرت هيئة علماء المسلمين في العراق تصريحات زعيم الفاتيكان بنديكت السادس عشر الأخيرة عن النبي محمد صلى الله عليه وسلم والإسلام، وطالبته في بيان بتقديم إيضاحات حول هذه التصريحات. وجاء في نص البيان أنه "في الوقت الذي يفتتح فيه الرئيس الأمريكي حربه في أفغانستان والعراق، بوصفه لها: بأنها [حرب صليبية]، ويبادر جنوده تحت هذا الشعار المعلن بقتل عشرات الآلاف من أبناء المسلمين، واجتياح مدنهم، وضربها بالأسلحة المحرمة دوليًا وأخلاقيًا، وارتكاب فضائح "أبو غريب"، ومجازر حديثة والإسحاقي، يطل علينا بابا الفاتيكان [بنديكت السادس عشر] بمقولات من شأنها أن تمنح جنود هذه الحرب شعورًا بأنهم يمارسون عملاً شرعيًا فيما تجنيه أيديهم في حق المسلمين من آثام يندى لها جبين الإنسانية". وأضاف البيان "فما دام النبي محمد صلى الله عليه وسلم كما استشهد البابا بنص سابق لم يأتِ إلا بأشياء شريرة وغير إنسانية؛ يكون ثمة مبرر ديني لجنود الحملة الصليبية التي يقودها الرئيس بوش في أن يعملوا قتلاًَ وفتكًا بشعوب تتبع هذا النبي وتؤمن بالرسالة التي جاء بها". وقالت هيئة علماء المسلمين في العراق: "إن هذا الخطاب فيه إساءة كبيرة لمشاعر المسلمين، وفيه من حيث شعر البابا أو لم يشعر تحريض على الإرهاب بحقهم، من قِبل مؤسسة دينية عالمية، تعلن دائمًا أنها محبة للسلام، وتدعم السلام، وإن شخصًا في مثل مقامه الديني لا ينبغي له أن يطلق تصريحات يمكن استغلالها لسفك مزيد من دماء الأبرياء، رجالاً ونساء وشيوخًا وأطفالاً". ونصت في البيان "فضلاً عن أن ما أدلى به البابا من تصريحات حول الإسلام ونبيه الكريم عليه الصلاة والسلام، يوحي بأن البابا لا يملك رؤية تاريخية دقيقة، وربما كان وراء ذلك انشغاله من قبل بعمله في السلك العسكري وخوضه حروبًا طاحنة لم تتح له الفرصة الكافية ليقرأ فيها التاريخ بإمعان". وختمت بيانها بقولها "إن هيئة علماء المسلمين إذ تأسف لهذه التصريحات في هذا الوقت المتأزم بسبب غزو بعض دول الغرب لدول إسلامية، تدعو البابا لإيضاح الغرض من هذا الخطاب بما يقطع على المغرضين إلحاق الأذى بالعلاقة بين المسلمين والمسيحيين في العالم. إن المسيحيين في بلادنا، لا يحملون صورة سيئة عن الدين الإسلامي الحنيف، وعن نبيه الكريم سيدنا محمد صلى الله عليه وسلم، كالتي أعرب عنها البابا، وهم يتعايشون مع المسلمين في إخاء، وعلى كل من له خطاب مؤثر في الناس، أن يعبِّد بخطاباته طريق السلام، وأن ينأى بنفسه عن الطرق الأخرى المؤججة للخلاف والخصام".