انتقد عدد من أساتذة الجامعات طريقة اختيار اللجان العلمية لفحص الإنتاج العلمي، لشغل وظائف الأساتذة والأساتذة المساعدين، في الدورة الثانية عشر 2016-2017، مؤكدين غياب الموضوعية في الاختيار، ومخالفة المعايير لقانون تنظيم الجامعات، خاصة بالسماح لرؤساء الجامعات بعضوية اللجان. وشهد تشكيل لجنة "الآثار المصرية" اختيار 6 أعضاء، بينهم الدكتور أحمد أمين محمد سليم بكلية الآداب في جامعة الاسكندرية "مقررا للجنة"، واختيار زوجته الدكتورة سوزان عباس عبداللطيف بكلية التربية بجامعة الإسكندرية. وقال عضو هيئة تدريس، طلب عدم ذكر اسمه، إن هذا التشكيل لم يراع تنوع التخصصات، حيث بينهم 3 تخصص تاريخ قديم، و3 تخصص لغة مصرية قديمة فقط، متساءلاً: "أين تخصص الآثار المصرية؟". وأكد الدكتور خالد سمير عضو حركة 9 مارس بجامعة عين شمس، وجود علامات استفهام مطروحة في لجنة مشكلة يفترض أنها تمثل كل الجامعات، وعدد أعضاءها 6، بينهم زوج وزوجته من نفس الجامعة. وأشار إلي أن هناك أخطاء ومخالفات في لائحة لجنة الترقيات لقانون تنظيم الجامعات، حيث سمح لرؤساء الجامعات بعضوية لجان الترقيات، في حين أن رؤساء الجامعات يشغلون مناصب إدارية وليسوا أساتذة، مضيفاً: "هذا مخالف للقانون الذي ينص علي عدم مشاركتهم في الأنشطة العلمية طوال فترة توليهم المنصب، وما يسري علي رؤساء الجامعات يسري علي النواب وعمداء الكليات والوكلاء". وقال الدكتور وائل بهجت، رئيس النقابة المستقلة لأساتذة الجامعات، إن هناك تجاوزات كثيرة في اختيار أعضاء اللجان العلمية، خاصة للذين يشغلون مناصب، مثل رؤساء الجامعات ووزير التعليم ورئيس مجلس النواب، مضيفا: "كان يجب أن يكونوا متفرغين للعمل في جامعاتهم، واللجان تحتاج لمراجعة ونصوص صريحة للاختيار، وأن تكون هناك شفافية وتدقيق في الاختيار". كان الدكتور أشرف حاتم، أمين المجلس الأعلي للجامعات، صرح بأن الجامعات هي التي تختار أعضاء اللجان العلمية وترسلها للمجلس، على أن يتم مراجعتها من قبل اللجان التخصصية التابعة للمجلس، موضحا أنه "إذا وجدت أخطاء سيتم تصحيحها".
