أقام حسين محمود، محامي المتهمين في القضية المعروفة إعلاميا ب"خلية الظواهري"، دعوى قضائية أمام مجلس الدولة، يطالب فيها ببطلان قرار رئيس الجمهورية بتعديل قانون الإجراءات الجنائية في مد الحبس الاحتياطي للمتهمين في الجنايات، دون وضع حد أقصى له، بالمخالفة لقواعد قانون العقوبات، الذي حدد مدة معينة لكل الجرائم. واختصمت الدعوى، كل من رئيس الجمهورية عبدالفتاح السيسي، ووزير العدل، ورئيس محكمة استئناف القاهرة، ورئيس الدائرة 11 جنايات جنوبالقاهرة المستشار محمد شيرين، وعضوي الدائرة المستشارين عماد عطية وأبو النصر محمد، والمحامي العام لنيابات أمن الدولة العليا، ورئيس جهاز الأمن الوطني بصفاتهم. كما طالبت الدعوى ببطلان تشكيل هيئة المحكمة بالدائرة 11 جنايات، وهي المحكمة التي تحاكمهم، لمخالفتها لقانون الإجراءات الجنائية والدستور المصري، وبطلان قرار إنشاء نيابة أمن الدولة التي باشرت التحقيق معهم، فيما يتعلق بمباشرة النيابة للتحقيق في مثل هذه القضايا دون أن يكون لها سند تشريعي تقام عليه. وكذلك طالبت الدعوى- التي أقيمت أمام محكمة القضاء الإداري- بوقف تنفيذ قرار وزير العدل، فيما يتعلق بمكان انعقاد محاكمتهم بمعهد أمناء الشرطة، وإعادة المحاكمة إلى مبنى محكمة القاهرة الجديدة، وإلغاء قرار إنشاء جهاز الأمن الوطني. وقال المحامي "حسين" في دعواه، التي حملت رقم 16126 لسنة 69ق، إن قرار تشكيل دوائر الإرهاب، يعد تعديا صارخا وواضحا على قانون الإجراءات الجنائية، لأن هذا يُدخل الريب والشك في تشكيل الدائرة، وأن قرار تحديد معهد أمناء الشرطة بمنطقة سجون طره مقرا للدائرة 11 جنايات القاهرة؛ مخالف للقانون، فإذا أجاز المشرع لوزير العدل أن يحدد مكانا آخر لانعقاد محاكم الجنايات، بشرط أن تكون هناك حالة ضرورة اقتضت ذلك، إلا أن قرار محاكمتهم بمعهد الأمناء؛ لم يُفصح عن الضرورة. وأضاف المحامي أنه لا يمكن اعتبار الخطورة الإجرامية سببا في هذا المكان، ففي أعظم الجرائم وأخطرها على الأمن العام، بل وتعلقها بسيادة الدولة؛ لم تلجأ محكمة الاستئناف، ولم يلجأ وزير العدل، إلى أن يكون انعقاد المحكمة في أماكن أمنية محددة. كما أن انعقاد المحاكمة بداخل معهد الأمناء لا يتحقق فيها الأمن والعدالة للمتهمين، لأن وزارة الداخلية خصم سياسي لجماعة الإخوان التي ينتمي إليها المتهمون، وأن هذا القرار يقنن عملية إجراء المحاكمات داخل السجون، وهي سابقة تحدث لأول مرة في تاريخ مصر. وأضاف أن مد فترة الحبس الاحتياطي دون وضع حد أقصى له؛ مخالف للمبادئ العامة في التشريعات الجنائية، وأنه جعل الحبس الاحتياطي الذي هو- في أساسه- إجراء استثنائي، إلى أداة بطش وتنكيل، وكان رئيس الجمهورية السابق المستشار عدلي منصور قد عدل قانون الإجراءات الجنائية بما يسمح بمد فترة الحبس. وأكدت الدعوى أن التعديل أضر بالمتهمين، لانهم مقيدو الحرية أكثر من 15 شهرًا، وكان القانون قبل التعديل ينص على أن أكثر مدة حبس احتياطي يقضيها المتهم هي عامان. ونوهت الدعوى إلى أن المدعين يعانون من استمرار حبسهم، ومن فقدانهم رزقهم وأعمالهم العامة والخاصة، فضلا أن من بينهم من تجاوز السبعين عاما.