اعتبر حافظ أبوسعدة، عضو المجلس القومي لحقوق الإنسان، أن النتاج الفكرى الذى أفرزه الباحث فى الشئون الإسلامية إسلام البحيرى هو أمر طبيعى لأنه اختلاف صحى، كما أن اختلاف الرؤى والفهم للنصوص لاختلاف الواقع الزمنى والجغرافى مطلوب ولا يستحق كل دعاوى التكفير والملاحقة له. وأشار أبوسعدة فى مقاله المنشور فى صحيفة الوطن المصرية بعنوان "أزمة تجديد الخطاب الدينى"، إلى أنه فى الوقت الذى نتحدث فيه عن أهمية تجديد الخطاب الديني دخلت عملية التجديد فى أزمة كبرى، كان أهم مشاهدها الموقف من إسلام البحيرى، وهى أيضاً الأزمة التى تجلت فى كتابات الدكتور فرج فودة الذى قتل والدكتور نصر حامد أبوزيد عندما انهالت دعاوى التكفير له. وتابع: ليس من بين المجددين من يريد إلا الخير للدين والإسلام والمسلمين وتغير الصورة النمطية لدى الآخر عن الإسلام ويعتبرونه أنه دين يحض على الإرهاب والقتل واستئصال الآخر، كما أن التجديد ليس عملية حديثة إنما هى قديمة قدم الفقه الدينى.