تابع الاتحاد العالمى لعلماء المسلمين باهتمام بالغ الأوضاع الفلسطينية فى ظل المتغيرات المتتابعة بالمنطقة العربية والإسلامية والتى تؤثر بشكل مباشر على القضية الفلسطينية وحضورها إقليميا وعالميًا، وفى ظل الانقسام الراهن على حد وصفهم بحيث لم يعد بإمكان الشعب الفلسطينى تحمل المزيد من الوقت والمزيد من الأعباء المترتبة على هذا الانقسام والمزيد من إهدار الجهد والطاقات دون التوصل لحلول تقضى على هذا الانقسام وقد ظهرت بوادر طيبة بهذا الصدد مما يؤكد تحرك الغيورين والحريصين على وحدة الصف الفلسطينى من أجل تطبيق المصالحة الشاملة وإعلاء صوت الوحدة الوطنية قولاً وعملاً، والتوحد فى مواجهة الاحتلال الإسرائيلي، وعدم إعطائه أى عذر أو مبرر لمواصلة اعتداءاته وجرائمه. وأكد الاتحاد فى بيان له أن القضية الفلسطينية ستظل هى القضية الرئيسية والمحورية لأمتنا العربية والإسلامية، التى يجب أن تحظى بالأولية والاهتمام، وأن تبقى على رأس قضاياها المتعددة والمختلفة لما لها من مكانة ورمزية تاريخية ودينية. وطالب الاتحاد حركتى فتح وحماس بضرورة تطبيق المصالحة الفلسطينية بأسرع وقت ممكن، وتجاوز كل العقبات التى تحول دون تحقيقها، وذلك على أرضية الثوابت الفلسطينية، مشددًا على أن المصالحة والوحدة الوطنية هى التى تحقق انتصار الشعوب، ويحذر من أن فشل هذا المشروع سيؤدى إلى تمزيق أرض فلسطين، وطمع الأعداء فيها. وندد بمحاولات العدو الصهيونى المستمرة لتقسيم مدينة القدس والمسجد الأقصى زمانيا ومكانيا، ويعلن تصدّيه بكل الوسائل لهذه المؤامرة الصهيونية ضد المقدسات الإسلامية. كما دعا الاتحاد قادة شعوب الأمة العربية والإسلامية إلى تحمل مسئولياتهم والسعى وراء هذه المصالحة وإنجاحها ومنع التصعيد الاستيطانى فى القدس ومحاولات تقسيمه وطمس هويته العربية والإسلامية وآثاره التاريخية، والعمل على تسخير كل الوسائل التى يمكن أن توقف العدو الصهيونى عن العدول عن هذا التوسع البغيض.