أوصت هيئة قضايا الدولة لجنة الخمسين لوضع الدستور، بالحفاظ على اختصاصات جميع الهيئات القضائية وتحصينها بنصوص دستورية تحقق لها التفعيل وتغلق كل أبواب التغول عليها مستقبلاً بما يهدد الوطن بإهدار مكتسبات ثورتي 25 يناير و30 يونيه. وأضافت الهيئة في توصياتها في نهاية مؤتمرها الصحفي التي عقدته بمقر النادي تحت عنوان التعديلات الدستورية ومستقبل العدالة في مصر: يجب أن تكون نصوص باب السلطة القضائية محققة لمزيد من التمكين للهيئات القضائية في سبيل تحقيق العدالة الناجزة ومكافحة الفساد. وأشارت الهيئة في توصياتها، إلى ضرورة التأكيد على هوية الدولة المصرية سياسيًا واقتصاديًا واجتماعيًا بكل انتماءاتها الغربية والإسلامية والإفريقية وضمان الاستقلال لأزهرها الشريف، كما أوصت على منع كل صور التمييز مع ضمان الحفاظ على كرامة الإنسان. وأوصت بالتأكيد على مبدأ الفصل بين السلطات القائم على التعاون والتنسيق بينها، دون تغول سلطة على الأخرى؛ لأن الشعب هو مصدر السلطات، كما أوصت الهيئة بحماية جميع الهيئات المستقلة والأجهزة الرقابية بنصوص دستورية تضمن استقلالها وتمكينها من القيام بدورها في حماية مقدرات الوطن.