اعترض أزهريون على قرار المجلس الأعلى للأزهر برئاسة الدكتور احمد الطيب شيخ الأزهر بإنشاء شعبة خاصة بالعلوم الإسلامية لتدرس بالمرحلة الثانوية من التعليم الأزهري، بالإضافة إلى الشعبتين الأدبية والعلمية، لتكون رافدا لكليات أصول الدين واللغة العربية والشريعة والقانون. وتبدأ الدراسة بهذه الشعبة بدءًا من العام الدراسي القادم 2010/ 2011، وهو ما أثار انتقادات باعتباره من وجهة نظر المعترضين بداية لتقسيم جامعة الأزهر إلا قسمين قسم للعلوم الشرعية وآخر للعلوم العملية، حيث سيقتصر الالتحاق بالكليات الشرعية على هذه الشعبة الجديدة، أما باقي الكليات فسيتم الالتحاق بها من خلال الشعبتين الأدبي والعلمي. وأبدى الشيخ عبد الفتاح علام وكيل الأزهر السابق رفضه للقرار، محذرا من خطورته، كاشفا أن الإمام الراحل الدكتور محمد سيد طنطاوي شيخ الأزهر السابق كان يرفض جميع الاقتراحات الخاصة باستحداث هذه الشعبة بالأزهر، لأنه يعلم جيدا أنها البداية الحقيقية لتقسيم الجامعة. وأكد علام في تصريح ل "المصريون" أن طنطاوي كان ضد تقسيم جامعة الأزهر تقسيما نوعيا، لأن ذلك يودي إلي ضعفها وفشلها في تحقيق الأهداف المرجوة منها في نشر وسطية الإسلام واعتداله. وبرر علام رفضه للقرار بأنه سيجعل الكليات الشرعية قاصرة علي خريجي هذه الشعبة فقط أما باقي الكليات فستكون من نصيب الدارسين بالشعبتين العلمي والأدبي، كما سيتم تخفيف المناهج الأزهرية تدريجيا كالقران الكريم والفقه والحديث من المقررات الدراسية على طلبة الثانوية الأزهرية خلال الفترة القادمة.