تحفظت حركة "6 إبريل" وحزب "التيار المصرى" على التوصية التى رفعتها اللجنة الرئاسية لفحص حالات المدنيين المحاكمين عسكريًا، والتى تطالب رئيس الجمهورية الدكتور محمد مرسى بإصدار عفو عام عن جميع المدانين فى أحداث الثورة؛ لصعوبة إعادة المحاكمات أمام محاكم طبيعية. وكان المستشار محمود فوزى، مقرر اللجنة الرئاسية لفحص حالات المدانين عسكريًا، قال فى تصريحات صحفية: "إنه اتضح للجنة صعوبة محاكمة ال 1101 المتبقين خلف القضبان من المحاكمين عسكريًا أمام القضاء الطبيعى، نظرًا لوجود عدد من الصعوبات ومنها عدم استطاعة جهات التحقيق الوصول والتيقن من قرائن الدعوى الآن، خاصة بعد مرور فترة من الزمن كبيرة على ارتكاب بعض الجرائم. وأضاف المستشار فوزي أن اللجنة رأت التوصية بإصدار قانون للعفو الشامل عن كل المتورطين فى قضايا ارتبطت بأحداث الثورة، لكى يتم حل المشكلة بشكل تلقائى. ومن جانبه، أعرب معاذ عبد الكريم عضو المكتب التنفيذى لائتلاف "شباب الثورة" المنحل، وعضو حزب "التيار المصرى"، عن رفضه لإصدار عفو عام من الرئيس لمن تم القبض عليهم أثناء أحداث الثورة، وقال إن أحداث الثورة استثنائية واتخذ فيها الكثير من القرارات، والتى لم يطبق فيها القانون أو مبادئ المحاكمة العادلة، وتم إلقاء القبض فيها على الكثير من الثوار واتهمهم بالعديد من التهم دون قرائن. ورأى أنه يجب إعادة محاكمة المتهمين أمام محاكم طبيعية بالاستعانة بالشهود، ومن تثبت عليه التهم تتم إدانته والباقون يحصلون على البراءة مما نسب إليهم، ولكن صدور عفو عام سيلحق بهم سابقة لم يرتكبها الكثير منهم، ولفقت لهم ظلمًا، وستظل لصيقة بهم طيلة حياتهم لذلك من الأفضل إعادة محاكمتهم حتى إن استغرق ذلك بعض الوقت. من جانبه، قال نادر شمس عضو "حركة شباب 6 إبريل": "إن صدور قرار بالعفو يجب أن يتم التدقيق فيه، وذلك لكى لا يتضمن العفو من ارتكب جرمًا أو تم إلقاء القبض عليه وهو يحرق أو يقتل مع الثوار. وأشار شمس إلى تجهيز الحركة لفاعلية يوم 21 سبتمبر، وذلك للمطالبة بالإفراج عن المعتقلين، وتشمل مسيرات فى المحافظات المختلفة وتظاهرة فى ميدان التحرير.