قال الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف خلال مناقشة رسالة دكتوراة حول التعديلات الدستورية، إن مصطلح الخليفة والخلافة لا يفضل استخدامه ويجب استبداله بالحاكم، معتبرًا أن نصف ما ارتكبته الجماعات الاسلامية من جرائم بسبب عبارة "الخليفة" و"الخلافة". واعتبر جمعة خلال مناقشة الرسالة المقدمة من الباحث محمد الشحات منصور، أن مناقشة رسالة علمية حول صلاحيات رئيس الجمهورية علنًا، أكبر دليل علي صحة المناخ السياسي أنه لا يوجد سقف للحرية السياسية ما دامت موضوعية ومنضبطة. وأشار إلى جواز التعديل خاصة في الدساتير التي توضع في المراحل الانتقالية تكون انتقالية وأخطر المراحل هي مراحل التحول، وفي مرحلة انتقالية لا يمكن أن يكون له طابع الثبات فعندما تستقر الدول تأتي التعديلات من واقع استقرار وهدوء، مما يؤكد ما ذهب إليه الباحث عن عقد مواطنة مبني على المصلحة وإذا تطلبت المصلحة فهي الحاكمة. وقال سامح عيد، الباحث في الحركات الإسلامية، إن "فكرة الخلافة الإسلامية في صلب عقيدة جماعة "الإخوان المسلمين" منذ نشأتها في عام 1928. وأضاف عيد ل"المصريون": "سقوط الخلافة العثمانية في عام 1924، أي قبل 4 سنوات من نشأة جماعة الإخوان على يد مؤسسها حسن البنا كان سببًا محوريًا في تبني نظام الخلافة كعقيدة أساسية بني عليها فكر وعقيدة الإخوان". وتابع: "حاول البنا إقناع الخديوي توفيق حاكم مصر آنذاك بأهمية تأسيس دولة الخلافة الاسلامية في مصر بعد سقوطها في تركيا وتحولها إلي دولة علمانية، خاصة أن مصر كانت أكبر دولة في الإمبراطورية العثمانية بعد سقوطها، وقد حاول البنا إيهام الخديوي توفيق بأن تأسيس دولة الخلافة في مصر سيجعله إمامًا وخليفة للمسلمين في العالم". وأشار عيد إلى أن "فكرة الخلافة عند جماعة الإخوان تقوم على عدة مبادئ، وهي تأسيس الفرد المسلم، ثم الأسرة المسلمة، ثم الجماعة المسلمة، ثم الدولة المسلمة، ثم الخلافة الإسلامية". وأكد أن "عقيدة الخلافة الإسلامية عند جماعة الإخوان صاحبها عدة معتقدات، منها تكفير الأنظمة، وإسقاطها والإيمان بجاهلية المجتمع لإقامة المجتمع الإسلامي، وإنشاء التنظيمات المسلحة والخاصة، وهو ما دفع بالجماعة إلى آتون العنف والدمار سعيًا لإقامة الخلافة الإسلامية منذ نشأتها وحتى الآن".
