أثار صمت الكنيسة على تصريحات الأنبا مكاري يونان، رئيس الكنيسة المرقسية الكبرى في القاهرة، التي اتهم فيها الإسلام بأنه انتشر بالسيف والرمح، العديد من علامات الاستفهام، خاصة أن الأزهر والأوقاف سرعان ما أصدرا بيانًا يتبرآن فيه من تصريحات الشيخ سالم عبدالجليل المُسيئة للأقباط . وبحسب الفيديو، الذي نشرته قناة «الكرمة» التابعة للكنيسة الأرثوذكسية المصرية أول أمس، أثناء لقاء مع الأقباط في الكنيسة قال يونان: "إحنا أصل البلد وإن كان الإسلام ضغط علينا وعددنا قل ولازم الكل يعرف أن مصر مسيحية وأن جدك وأبو جدك مسيحي واعرف يا حبيبي أنه بالسيف والرمح بقيت مسلم واللي ساب المسيحية كان بسبب السيف والرمح وإحنا عقيدتنا اللي بتقول عليها فاسدة هي عقيدة الطهارة ونقاوة القلب". وقال يونان: "يا مرحب بالمصايب ومرحب بالقتل والموت، والموت ده هيوصلنا عند حبيبنا، ويا رب يا سر فرحنا وزي ما أنت حاضر بالحق والحقيقة أنا بأقول لك أعلن عن ذاتك ومجدك وأعمل حاجة تليق بيك، أعمل حاجة في مصر أعمل حاجة في مصر أعمل حاجة في مصر أمين". وعلى الرغم من مرور يومين على تصريحات الأنبا "مكاري يونان" التي أغضبت المسلمين وتجنت على الإسلام، إلا أن الكنيسة لم تصدر بيانًا تعلق فيه على تلك التصريحات أو تنكرها. بينما أصدر الأزهر الشريف بيانًا بناءً على اجتماع هيئة كبار العلماء ومجمع البحوث الإسلامية، أكد فيه أن تصريحات الشيخ سالم عبدالجليل لا تمثل إلا نفسه ولا تعبر عن رأي الأزهر، فيما اتخذ وزير الأوقاف ضده قرارًا بمنع صعوده المنابر، بالإضافة إلى الشيخ عبدالله رشدي الذي أيد تصريحات "سالم"، كما تم وقف برنامجه الذي يقدمه على قناة المحور، وتقديم بلاغات عديدة ضده للنائب العام تتهمه بازدراء الأديان. من جانبه رفض القمص عبدالمسيح بسيط، راعي كنيسة العذراء بمسطرد، تصريحات «مكاري» وقال إن الزمان والمكان لا يسمحان بصدور مثل تلك التصريحات ولا ينبغي أن يتحدث أحد فيه في هذا التوقيت، مشيرًا إلى أنه لا يعلم الأسباب التي أخرت الكنيسة في إصدار بيان حتى الآن تستنكر هجوم "مكاري" على الإسلام. وأضاف "بسيط"، في تصريحات خاصة ل"المصريون"، أن الدولة تحاسب الآن الشيخ سالم عبدالجليل بسبب تكفيره الأقباط ولا ينبغي أن يقوم أحد من الأقباط بالرد عليه بالهجوم على الإسلام. وأكد في تصريحاته، أن الكنيسة سيكون لها موقف منه، مضيفًا أنه على الجميع أن يلتزم بتفسير عقيدته دون التطرق لعقيدة الآخر حتى تهدأ الأوضاع وعدم إثارة الفتن.