تبادلت هيئة السكة الحديد وشرطة السكة الحديد الاتهامات حول مسئولية التعديات على أراضى السكة الحديد والتي بلغت 8.33 مليون متر مربع موزعة على طول شريط السكة الحديد، بالمناطق المخلفة على مستوى الجمهورية من قبل مجالس المدن والوحدات المحلية والمحافظات والشركات والأفراد ، دون اتخاذ الإجراءات القانونية اللازمة وكشف التقرير الصادر عن الجهاز المركزى للمحاسبات بحسب "اليوم السابع" فإنه أمكن حصر التعديات خلال مراجعة القوائم المالية وحسابات السنة المالية المنتهية فى 2014 – 2015 بلغت 6.34 مليون متر مربع فى أماكن مختلفة ، بالإضافة إلى تعديات على منشآت الهيئة فى مناطق العريش ورفح وبئر بدر والشيخ زويد بإجمالي مسطحات حوالى 1.99 مليون متر مربع. وأضاف التقرير، أن هيئة السكة الحديد لم تفعل حتى اليوم القرار الوزارى رقم 547 لسنة 2007 بشأن حصر وتحديد أملاك الهيئة المتعدى عليها، محملاً الهيئة الشركة المصرية لمشروعات السكك الحديدية والنقل مسئولية عدم اتخاذ إجراءات قانونية لدرء هذه التعديات أو تقنين بعض الحالات من خلال إبرام عقود إيجارية معها، فيما رد هيئة السكة الحديد على تقرير المحاسبات بالقول إنها أخطرت شرطة السكة الحديد وهى المسئولة عن إزالة هذه التعديات. وأكد التقرير، أن هيئة السكة الحديد تنازلت للغير عن 298 ألف متر مربع أراضى مملوكة لها بدون مقابل، وذلك وفقًا لما أمكن حصره، بالإضافة إلى 25 ألف متر تنازلت عنها للغير مقابل الحصول على أراض بديلة، مشيرًا إلى أن هيئة السكة الحديد لم تتخذ الإجراءات القانونية لحماية أملاكها. ولفت التقرير، إلى وجود أصول ثابتة لدى هيئة السكة الحديد غير مستغلة تبلغ قيمتها حوالي 3 مليارات جنيه، بالإضافة إلى العديد من الماكينات والمعدات التي لم يتم استخدامها منذ شرائها، لافتًا إلى أن المسئولين أقروا بعدم حاجتهم لبعض هذه المعدات التى تم شراؤها، وأن الهيئة اكتفت بتخزين وتشوين هذه المعدات بالمخازن. وأوضح تقرير الجهاز المركزى للمحاسبات، أنه يوجد مديونية وإيرادات مستحقة لهيئة السكة الحديد لدى الغير قيمتها 2.952 مليار جنيه، بعضها مرحل منذ سنوات ويرجع إلى عام 2000، دون اتخاذ الهيئة الإجراءات القانونية اللازمة لتحصيل هذه المبالغ، ما يعرض حقوقها للضياع، مطالبا بتحديد المسئولية عن هذا التقاعس الشديد والتراخى من قبل المسئولين فى تحصيل حقوق الهيئة لدى الغير، وذلك وفقا لنص ما ورد بالتقرير. ولفت التقرير، إلى وجود مستحقات مالية لهيئة السكة الحديد لدى بعض عملاء "اشتراكات الشركات" متوقفة عن السداد منذ سنوات، إلا أن الهيئة ما زالت تستخرج اشتراكات لصالح عاملي هذه الشركات المتوقفة عن السداد حتى العام المالى 2014/2015 مثل وزارة السياحة والشركات التابعة لها ووزارة الاستثمار والشركات التابعة لها.