توالت إغلاق المنظمات المدنية العريقة والبرامج الدراسية الحقوقية، بسب تخوف النظام السياسي من الانتقادات الموجهة إليه بانتهاك حقوق الإنسان، واستمرار التعريف والتوعية عبر البرامج التدريبية والأكاديمية، ومن ثم أغلقت كلية الاقتصاد والعلوم السياسية بجامعة القاهرة، باب التقدم للحصول على دبلومة المجتمع المدني وحقوق الإنسان، وأعلنت انتهاء البرنامج التدريبي لها وعدم تفعيلة مرة أخري، في الوقت ذاته أعلن مركز القاهرة لحقوق الإنسان، عدم تفعيل دورته السنوية لشباب وخريجي الجامعات حول حقوق الإنسان، والتي ظلت تعقد لنحو 22 عامًا،وذلك لاستحالة إيجاد مساحة آمنة للشباب للتعلم أو الإبداع، وأن السجون أصبحت هي مصير كل من يهتم منهم بالشأن العام بحسب بيان أصدره المركز. وأكد خبراء حقوقيون، أن السلطة الحالية تسعي لغلق جميع المنظمات الحقوقية العاملة في مصر والتي تسبب لها صداعًا مزمنًا بسبب فضح ممارساتها ضد انتهاك حقوق الإنسان، في حين أنها تدعم وتبقي على منظمات حقوق الإنسان الداعمة لها والتي تغض الطرف عن ما يحدث من انتهاكات جسيمة بحق المواطنين. قال جمال عيد مدير الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان والباحث الحقوقي، إن الظروف الحالية في مصر لم تعد آمنة ومهيأة لعمل المنظمات الحقوقية التي تكشف انتهاكات الدولة, في الوقت الذي تتوسع الدولة ذاتها في انتهاك حقوق الإنسان. وأضاف في تصريح خاص ل"المصريون"، أن عداء الدولة للمنظمات الحقوقية ومنظمات المجتمع المدني أصبح واضحاَ فلم يعد متوفرًا أن تعقد أي منظمة حقوقية ندوة أو دورة تدريبية في فندق أو مكان عام بسبب الإجراءات الأمنية ورفض الأمن الذي يضاعف من انتهاكاته ضد المواطنين مما سينعكس بالسلب على المجتمع ككل. ولفت، إلى أن المنظمات الحقوقية التي يسمح لها بالعمل هي التي لا تعترض على انتهاكات السلطة الحالية ولا تنتقد التعذيب أو السجن أو القتل، مشيرًا إلى أنها فقدت دورها الأساسي في المجتمع وأصبحت تابعة للنظام السياسي وليس الحقوقي. ومن جانبها أوضحت إيمان الشعراوي باحثة حقوقية, أن الدولة تسعي للتضييق على جميع المنظمات التي تلقي الضوء على الانتهاكات التي تقوم بها الدولة من تعذيب واعتقالات وغيرها، في حين أنها تدعم المنظمات التي لا تسبب أي تهديد أو انتقادات للسلطات الأمنية أو القيادة السياسية الحالية كما أنها تدعم تواصل هذه المنظمات بالمنظمات الدولية. وكشفت في تصريح خاص ل"المصريون"، أن كلية العلوم السياسية قامت بإلغاء دبلومة حقوقية عن منظمات المجتمع المدني وحقوق الإنسان، وذلك رغم رفع سعر الدبلومة من 2000 جنيه إلى 5000، وذلك بسبب محتوي الدبلومة والذي فرض شرح جميع المفاهيم الحقوقية ويلقي الضوء على القضايا الموجودة ومنا تعريف الانقلاب العسكري وشرح معني الديمقراطية واحترام حقوق الإنسان والتعذيب، والسلامة الجسدية وعلى الرغم من أن الدراسة نظرية وعبارة عن مصطلحات لكن يبدو أن هناك حساسية من الجهات المسئولة في الدولة، خاصة أن من ضمن المحاضرين لواء شرطة يدعي أحمد جاد يحاضر أيضًا في كلية الشرطة، وقد حدثت مشادات ومشاحنات كونه يشرح مصطلحات لا تطبقها وزارة الداخلية وكثرة الانتقادات والاتهامات لها بانتهاك حقوق الإنسان. ولفتت، إلى أنه من ضمن الأسباب المتوقعة لإلغاء الدبلومة هي ضمها لعدد كبير من الناشطين الحقوقيين والعاملين في منظمات مجتمع مدني مختلفة مما دفع الكلية إلى إلغاء الدبلومة التي كانت تدر لها أرباحًا جيدة, لكونها تظهر عداء للدولة بحسبهم .