كشف تقرير لجنة المراجعة بالشركة العامة للصوامع والتخزين التابعة للقابضة للصناعات الغذائية عن الفترة من 1\7\2011 حتى 31\3\2012 عن عدة مخالفات منها عدم إنهاء المشاكل والصعوبات المتعلقة ببعض أصول الشركة والخاصة بالتسجيل ونقل الملكية وإقامة مبانى بدون ترخيص وعدم حصولها على التعويضات للأراضى المنزوع ملكيتها حيث تقاعست الشركة عن الحصول على تعويض عن مساحة 80 ألفا و260 مترا بمجمع السلام والمنزوع ملكيتها، بالاضافة إلى نحو 1420 مترا مربعا بأماكن اخرى، وكذلك عدم تحديد الوضع القانونى لأراضى وضع اليد بمساحة 61 ألفا و371 مترا مربعا بمجمع السلام ومخزن غمره حيث أنها حيازة الشركة ولا يوجد منازعة عليها الوضع إلى يجب تفعيل وضعها بعض رفعها مساحيا. وأظهر التقرير قيام الشركة بإنشاء مبانى بدون ترخيص بمجمع السلام "مخازن أفقية" بلغت قيمتها نحو 22 مليونا و100 ألف جنيه أصدر حى العامرية قرار رقم (560لسنة 2008) بإزالة هذه المخازن، مما يجعل الشركة تتكبد تكلفة هذه المبانى كخسارة، كما تضمن مخزون قطع الغيار نحو 2 مليون و531 ألف جنيه فيه أصنافًا راكدة قيمتها نحو 2 مليون و531 جنيها طبقا لحصر الشركة تتمثل فى انظمة تطويرها وأصول تم الاستغناء عنها. وتضمنت الحسابات الدائنة الأخرى نحو 4 مليون و458 ألف جنيه تحت مسمى تعويض أرض سفاجا منها 3 ملايين و429 ألف جنيه قيمة جزء من التعويض المتفق عليه مع الهيئة العامة لموانئ البحر الأحمر عن الجزء المستقطع من أرض صومعة سفاجا بالإضافة الى مليون و29 ألف جنيه قيمة المحصل من الهيئة المذكورة قيمة المقايسات التقديرية لنقل خطوط المياه والكهرباء وإعادة تركيب موازين بسكول عن الجزء المستقطع من أرض صومعة سفاجا بمعرفة هيئة الميناء ولتطوير ميناء سفاجا. كما صدر حكم محكمة إستئناف القاهرة بتاريخ 23نوفمبر2011 بإلزام الشركة بأن تؤدى مبلغ نحو 289 مليونا و747 ألف جنيه لهيئة السلع التموينية وذلك عن معاملات تخص العلاقة بين الشركة والهيئة عن اعوام ما قبل 1994.