ذكر المستشار أشرف العشماوى، قاضي التحقيقات المنتدب فى قضية التمويل الأجنبي من قبل وزارة العدل، أنه تم البدء في التحقيق بالجزء الثانى الخاص بقضية التمويل الخارجي، والخاص بالجمعيات التى من بينها جمعيات تحمل الطابع الدينى الإسلامى والقبطى. وأشار العشماوى إلى أن هناك أدلة على هذه الجمعيات أنها تتلقى تمويلاً من الخارج وجارٍ التحقيق فى هذه الأدلة، والتي تعد مخالفات جسيمة. كانت هيئة التحقيق المنتدبة من وزير العدل في القضية برئاسة المستشارين سامح أبو زيد وأشرف العشماوي أحالت في 5 فبراير 43 متهما من المصريين والأجانب إلى المحاكمة الجنائية أمام محكمة جنايات القاهرة، وأمرت هيئة التحقيق باستمرار وضع المتهمين المحالين للمحاكمة على قوائم المنع من السفر وترقب الوصول، وحددت لهم جلسة 26 فبراير المقبل لنظر أولى جلسات القضية بمحكمة جنايات شمال الجيزة. يذكر أن النشطاء المحالين للمحاكمة منهم 19 أمريكيا و16 مصريا، فضلاً عن جنسيات أجنبية أخرى ألمانية وصربية ونرويجية وفلسطينية وأردنية. من جانبهم، اعتبر حقوقيون أن إحالة القضية إلى الجنايات خطوة نحو إغلاق القضية، وأكدوا أن احتمالات البراءة ستكون كبيرة، فى ظل عدم وجود أدلة حقيقية وقوية تدين تلك المنظمات والأشخاص، كما يعنى ذلك أن الاتهامات لن تطال جمعيات أخرى غير تلك التي تم اقتحامها والتحقيق مع القائمين عليها. ووجهت التحقيقات اتهامات للمسئولين عن تأسيس وإدارة خمس منظمات أجنبية، منها أربع منظمات أمريكية وواحدة ألمانية، وأشار قضاة التحقيق إلى أن من بين التهم الموجهة لمسئولي المنظمات على أموال من الخارج بالمخالفة للقانون على النحو التالى: المعهد الجمهوري 22 مليون دولار أمريكي، والمعهد الديمقراطي 18 مليون دولار أمريكي، ومنظمة فريدوم هاوس 4 ملايين و400 ألف دولار أمريكي، والمركز الدولي الأمريكي للصحفيين 3 ملايين دولار، ومؤسسة كونراد الألمانية مليون و600 ألف يورو.