هاجم الاتحاد القبطى الأمريكى، البابا شنودة لموقفه من المادة الثانية من الدستور المصرى، الذى تم تجميد العمل بمواده بعد الثورة، مؤكداً أن حادث كنيسة المريناب بأسوان يأتى فى إطار إحداث الوقعية بين الأقباط والمجلس العسكرى. واعتبر الاتحاد - فى بيان له- أن البابا شريك للإخوان المسلمين فى الدفاع عن المادة الثانية، وأنه أحس بسحب السجادة من تحت أقدامه بعد أن نزل الشعب القبطى ليدافع عن حقوقه بعيداً عنه، وهو الشريك والحليف الخفى للإخوان والسلفيين لتنفيذ أغراضهم فى الدفاع عن الشريعة الإسلامية، ومن ثم الدولة الدينية الإسلامية، لذا تآمر الطرفان "البابا شنودة والإخوان" بافتعال مشكلة كنيسة المريناب لتنفيذ مخططهم من أجل الوقيعة بين الأقباط والجيش والضغط على المجلس العسكرى بسحب تأييده للدولة المدنية. أدان الاتحاد الهجوم على الكنائس عموماً، ومنها كنيسة المريناب، كما أدان الإخوان والإسلاميين لعدم إدانتهم لمثل هذه الهجمات، التى يقوم بها أتباع لهم، كما أدان الاتحاد مواقف البابا شنودة وأتباعه من عدم مطالبتهم بإلغاء المادة الثانية من الدستور، الخاصة بالشريعة الإسلامية، ودفاعه عن الشريعة الإسلامية، وادعائه بأنها تحمى حقوق الأقباط، وهو يعلم علم اليقين أن هذا دجل وتزوير. كما أدان الاتحاد القمع المفرط ضد المتظاهرين الأقباط فى ماسبيرو، مشيراً إلى أن المتظاهرين الأقباط لديهم قلة وعى سياسى، وأن هناك بعض الكهنة يسخرونهم من أجل أغراض البابا شنودة وأتباعه من عملاء أمن الدولة.