تولى إدارة أمورها فى أصعب الظروف بعد رحيل البابا شنودة اختاره القدر قائدًا لدفة الكنيسة خلال فترة عصيبة فى أعقاب رحيل البابا شنودة الثالث، يعرفه المقربون منه بأنه شيخ بقلب شاب، ورجُل لم يهزمه المرض والهموم والمشكلات والأزمات، أثبت جدارته باللقب الذى أطلق عليه «نسر الكرازة» لعمله الدءوب فى خدمة الكنيسة، غير عابئ بالمتاعب، إنه الأنبا باخوميوس، مطران البحيرة ومطروح والخمس مدن الغربية. حنكة الحياة أكسبته صفات عدة، جعلته متوّجا على قلوب الجميع، أقباطا ومسلمين، ورغم تواريه عن الكاميرات منذ إعلان بابا للكنيسة وبطريرك للكرازة -والذى شاء القدر أن يكون من تلاميذه- بدأ يركز فى خدمته بالبحيرة ومحيطها. برجه «القوس» أضفى عليه من المواصفات ما جعله حكيما ومسيطرا على غضبه ومسالما، يتحاشى الانجراف وراء التفاصيل، حريصا على أداء المهام الموكلة إليه، يغُلف الكلمات بالدبلوماسية، ما ساعده فى إدارة أمور الكنيسة بجدارة، بعد بطريرك عرفه العالم ب«حبيب الملايين». ولد الأنبا باخوميوس فى مدينة شبين الكوم بالمنوفية فى 17 ديسمبر 1935م، وكان اسمه العلمانى (قبل الرهبنة) سمير خير سكر؛ حصل على بكالوريوس التجارة من جامعة عين شمس عام 1956، ومنها درس فى الكلية الإكليريكية من عام 1959 حتى 1961م، وذلك بقسم الاجتماع بمعهد الدراسات القبطية. كان أول شماس يخدم بالكويت عام 1961، مع القمص أنجيلوس المحرقى، والذى أصبح (الأنبا مكسيموس)، تنقل للخدمة منذ شبابه فى مدارس الأحد بالزقازيق والجيزة وشبرا ودمياط؛ ما أهله لتولى منصب سكرتير اللجنة العامة لمدارس الأحد، والمشرف على بيت الشمامسة بالجيزة. ذهب إلى دير العذراء (دير السريان) بوادى النطرون، وترهبن مع الراهب ميصائيل السرياني، الذى أصبح أسقف برمنجهام فى اليوم نفسه، 11 نوفمبر 1962، وحصل على درجة قس باسم الراهب القس «أنطونيوس السريانى» 2 يناير عام 1966، مع القمص أوغريس السرياني، والقس متياس السرياني. وفى 6 فبراير من العام ذاته، بدأ خدمته لمعهد إعداد الخدام الإفريقيين بكوتسيكا؛ حيث أشرف على المركز البابوى للكرازة لإعداد الخدام الإفريقيين، كما خدم بالسودان من سنة 1967 إلى مايو 1971، وقام بتعميد كثير من الوثنيين فى جبال النوبة، ونال درجة القمصية بيد الأنبا دانيال هناك فى 28 يوليو 1968م. أوفده البابا كيرلس السادس عشر فى تعداد بطاركة الكنيسة القبطية إلى إثيوبيا عام 1971، وأسس الكنيسة القبطية فى لندن، ثم تابَع العمل القمص متياس السريانى عام 1971. كما شارك ممثلا عن الكنيسة القبطية فى مؤتمرات دينية بالخارج، واختير عضوًا فى مجلس الكنائس العالمي، ومجلس كنائس الشرق الأوسط، ومجلس كنائس كل إفريقيا؛ كما قام البابا الراحل شنودة الثالث برسامته أسقفًا للبحيرة وتوابعها الخمس مدن الغربية فى الأحد 12 ديسمبر 1971؛ وذلك مع الأنبا يؤانس أسقف الغربية؛ وكانا أول الأساقفة الذين رسمهم البابا شنودة الثالث. «باخوميوس» رجل معمار وبناء أيضا، فقد قام بإنشاء كاتدرائية العذراء والقديس إثناسيوس فى دمنهور، والعديد من الكنائس؛ وأحضر جزءًا من رفات القديس أغسطينوس فى عام 1987 من الجزائر، وأودعه الكاتدرائية؛ حيث يُحْتَفَل به سنويًا، ونال درجة مطران مع الأنبا بيشوى مطران دمياط فى 2 سبتمبر 1990. وبعد رحيل البابا شنودة الثالث فى 17 مارس 2012، أصبح هو القائم مقام البطريركى (وذلك بعد اعتذار الأنبا ميخائيل مطران أسيوط لِكِبَر سنه)؛ واستمر فى المنصب نحو ثمانية أشهر، حتى تجليس البابا الأنبا تواضروس، ورغم تعرضه لعدد من الوعكات الصحية، يواصل أعماله ورعاية أبنائه وحضور اجتماعات الكنيسة دون اعتذار.
