رفضت لجنة نظام الحكم بالخمسين برئاسة الدكتور عمرو الشوبكي مقرر اللجنة، ندب القضاة إلى خارج مجال عملهم. كما رفضت اللجنة أثناء مناقشاتها لباب السلطة القضائية، مقترحًا تقدم به نادي القضاة للجنة، يقضي بالنص على إنشاء معهد لتدريب القضاة وتطوير مهاراتهم فيما يتعلق بالشأن القضائي والدستوري . وأكدت مصادر باللجنة، أن الرفض كان بسبب تخوف الأعضاء من فشل فكرة إنشاء المعهد، مما سيترتب عليه صعوبة إلغائه بعد ذلك نظرًا للنص عليه في الدستور. من جانبه، قال الدكتور عمرو الشوبكي مقرر اللجنة، إن الاتجاه العام داخل اللجنة هو رفض إدراج ميزانية السلطة القضائية كرقم واحد، في الموازنة العامة للدولة . ونص مشروع الدستور المقدم من لجنة الخبراء على إدراج ميزانية السلطة القضائية برقم واحد في الموازنة العامة للدولة.